1887年，孟兹比尔提出过一个理论，他认为企鹅有可能不同于其他鸟类，是单独从爬行类演变进化而来的。它的鳍翅不是鸟类的翅膀变异形成的，而是由爬行类的前肢直接进化形成的。他的研究结果指出，企鹅根本没有经历过飞翔阶段。可是，另一种观点似乎也有充足的证据。它们有着和鸟类一样的羽毛、坚硬而尖突的喙和有爪及鳞片的双脚。一部分科学家认为尽管现在的企鹅不会飞，可是它们的祖先是会飞的，而且企鹅的身体结构上有其会飞翔的祖先留下来的很多特征，诸如扇形的尾骨、桨状的鳍翅、明显凸出的胸骨，以及与鸟类相似的睡觉方式。在他们看来，企鹅是由会飞的海鸟进化来的。只是由于生存条件的变化使它们不需要飞翔了，因此翅膀逐渐退化，也就不会飞了。

关于企鹅能不能飞，目前还是一个有争议的话题。不同的科学工作者们持不同的看法。