企鹅和其他鸟儿一样，有羽毛、喙、爪，可是它们是特殊的鸟类，与普通鸟类在骨骼、翅膀、羽毛等方面存在很大的区别。普通鸟类一般都会飞行，拥有轻盈、中空的骨骼，而且骨骼中分布着很多孔隙，其中充满气体，比如龙骨突。擅长飞行的鸟类凭借龙骨突和发达的胸肌，就可以最大限度地发挥自己的飞翔能力，自由自在地畅游于空中。而企鹅的骨头则是实心的，骨骼沉重而不充气，所以体重较重，它们的骨架虽然和普通鸟类很相似，但是与普通鸟类相比，企鹅的龙骨突只是骨骼骨架的一部分而已，并没有助飞的作用，但有利于企鹅用翅膀划水。普通鸟类的身体结构已经进化到适于飞翔的状态。它们的前肢不用于行走，逐渐进化成为骨架又细又长适合飞行的翅膀了。而企鹅前肢已经退化成了用来帮助它们畅游水中的鳍状肢，它们的翅膀也比其他相同体形的鸟类短小。为了适应水中的生活，企鹅翅膀的骨架已经变得又短又平了。

企鹅的羽毛呈重叠、密集的鳞片状，均匀地披在企鹅的全身。这种羽毛又硬又短，浓密而蓬松，羽轴宽宽的、短短的，羽片密密的、窄窄的，由此形成了一种特殊的“羽被”，很难被海水渗透。也正是因为这种“羽被”，企鹅才拥有比其他鸟类更为耐寒的本领。