在生物界中，最早出现的分类模式就是动物和植物两大类：能够进行新陈代谢并以有机物为食物的生物是动物；可以进行光合作用，吸收无机物以促进个体生长的生物是植物。这个分类是由瑞典生物学家卡尔•冯•林奈提出的，被称作“两界系统”，但是随着生物学的发展，人们发现大自然的生物远非这两种分类可以概括的。林奈在《植物种志》一书中，根据植物所开花的不同，将所有植物划分成24个纲目。这样一分，问题就出现了：那些不开花的植物到底属于哪一纲目呢？为了解决这个问题，林奈随便把那些不开花、不结果的“植物”归于自己划分的最后一纲中。如此一来，像苔藓、蘑菇及一些蕨类植物就都成了“第24纲”的成员。由于这些植物不开花，而且是用孢子繁殖的。因此，为了研究的方便，林奈将第24纲的“植物”称作“孢子植物”或“隐花植物”。其实，林奈所说的“孢子植物”中，有许多都不是严格意义上的植物。蕨类植物和苔藓可以进行光合作用，吸收二氧化碳和水，并制造有机物供应自体的生长，但是蘑菇就不同了，它们不含有叶绿素，根本就不能进行光合作用。既然不能进行光合作用，又怎能说蘑菇是植物呢？

自然界的生物可被划分为原核生物界、原生生物界、动物界、植物界和真菌界。由于蘑菇不能像植物那样自己制造养分，只能依靠腐生、寄生的方式生存，因此，之后的生物学家们就在林奈的研究基础上，把蘑菇归到了“真菌”一类。自此，蘑菇就彻底地从“植物大家族”中独立出来并自成一体了。