由于胎儿、胎盘的存在及激素的影响，药物在准妈妈体内的吸收、分布、代谢和排泄过程，均有不同程度的改变。妊娠期胃肠蠕动减弱，药物在胃肠道停留时间延长，吸收更完全，吸收峰值后推且峰值偏低；孕期血容量增加，药物分布容积随之增加，药物吸收后稀释度增加，故药物需要量高于非孕期；孕期白蛋白下降，使妊娠期药物蛋白结合能力下降，血内游离药物增多，到达组织和通过胎盘的药物增多，用药效力增高；妊娠期高激素水平影响，胆汁淤积，药物首关效应减弱；肾血流量增加，肾小球滤过率增加约50%，使肾脏排泄药物增加。

胎盘是母体和胎儿间进行物质交换的器官，是胚胎与母体组织的结合体。母体和胎儿血中的许多物质（包括多种药物）可以通过胎盘进入胎儿体内，使发育中的胚胎或胎儿遭受药物的药理作用或致畸作用。母婴间药物的胎盘转运于胎儿第五周开始形成，几乎所有用于母体治疗的药物都能通过胎盘转运到胎儿体内。问题的关键是药物通过胎盘的速度和程度是否足以在胎儿体内产生有临床意义的浓度。药物转运的速度与胎盘合体血管膜的通透性及面积有关。药物本身的特点和母体胎儿肝循环中药物的浓度差是影响药物转运速度和程度的主要因素。分子量小、脂溶性高、非结合的、非离子化程度高的药物易通过胎盘，母体循环中药物浓度与药物剂量、给药途径、疗程长短有关。

药物经胎盘屏障转运到胎儿体内，并经羊膜进入羊水中，最终形成羊水肠道循环。胎儿肝、脑、心脏占身体的比例相对较大，血流量多，故药物主要分布在肝、脑、心脏等重要器官，但胎儿肝酶缺乏对药物解毒能力低，肾小球滤过率低，药物及降解物排泄延缓，易引起药物蓄积中毒。

妊娠期间，药物可通过影响母体的内分泌、代谢等间接影响胚胎，也可以通过胎盘屏障直接影响胎儿，药物对胚胎和胎儿的影响主要包括：致畸效应、长期潜伏效应、影响智力发育、成年后患心血管和代谢性疾病等的倾向性增高等。