在整个疗程中，务求避免间断服药。在任何阶段中，如有感染或精神因素等病情变化，宜随时酌增药量，待稳定后再进行递减。一般而言，用药疗程愈长，停药后复发率愈低。如果育龄女性经治疗后，甲状腺明显缩小，三碘甲状腺原氨酸抑制试验或（和）促甲状腺激素释放激素兴奋试验转正常反应，血内促甲状腺激素受体抗体消失，则停药后复发机会较少。

因为丙硫氧嘧啶（PTU）与血浆蛋白结合比例高，胎盘通过率低于甲巯咪唑（MMI）。丙硫氧嘧啶通过胎盘的量仅是甲巯咪唑的1/4。另外，甲巯咪唑所致的皮肤发育不全较丙硫氧嘧啶多见，所以优先选择丙硫氧嘧啶，甲巯咪唑可作为第二线药物。由于合并左甲状腺素（L-T ₄）后，控制甲亢抗甲状腺药物的剂量需要增加，所以不主张合并使用左甲状腺素。β受体阻断剂类药物如普萘洛尔与自发性流产有关，还可能引起胎儿宫内生长迟缓、产程延长、新生儿心动过缓等并发症，故应慎重使用。