基因诊断可以确定血友病致病基因，用于携带者检出和产前诊断，并可预测抑制物的产生。

采用分子生物学方法（PCR、DGGE、SSCP、DNA测序等）直接测定致病基因的缺陷。FⅧ22内含子倒位分析可作为重型HA的筛选试验，也是目前唯一用于临床诊断的直接基因检测方法。FⅧ 22内含子倒位和内含子1倒位测定可检出50%的血友病A重型患者。FⅧ 22内含子倒位和其他一些基因突变常伴有抑制物发生，因此有助于预测抑制物的产生。

利用致病基因内外的限制性片段长度多态性（RFLP）作为特异分子遗传标志物，通过家系成员间的连锁关系确定血友病基因的遗传情况。应用DNA多态性分析的遗传学诊断（RFLP、VNTR、STR等方法），可使诊断率达99%。应用遗传连锁分析，检测FⅧ基因内外8个STR位点，包括DXS51、DXS52、DXS9901、G6PD、DXS1073、DXS1108、F8civs22、F8civs13及性别基因位点等，基本可正确诊断血友病A。而检测FⅨ基因外的6个STR位点，包括DXS8094、DXS1211、DXS1192、DXS102、DXS8013、DXS1127及性别基因位点，基本可正确诊断血友病B。RFLP分析的局限性：必须具有先证者的标本；母亲系该多态位点的杂合子，联合多个RFLP才可诊断。