功能医学来源于临床西医，属于精准医学；而祖国传统中医学是属于模糊医学、经验医学，但二者有许多的共同性。

功能医学认为：病人的生理、心理和精神是一个内外动态平衡的有机整体。中医学非常重视人体本身的统一性、完整性及其与自然界的相互关系，整体观念是中医方法论和认识论的核心。

功能医学认为现代慢性病是基因易感性和环境共同作用而产生。我们的基因没有改变，改变的是我们的生存环境！

道德经中说：“人法地，地法天，天法道，道法自然。”中医学认为自然界是人类生命的源泉，人类依靠天地之气和水谷精微而生存，并随着四时寒热温凉、生长收藏的规律以及地理环境的变迁而生活着。人体与自然界息息相通，密切相关。自然界的运动变化可以直接或间接地影响着人体，而机体则相应地产生生理或病理上的反应。这种机体与环境相统一的“天人相应”观，也是中医学的重要理论基础。由于人与自然界存在着既对立又统一的关系，所以因时、因地、因人制宜也就成为中医治疗学的重要原则。

中医提倡的是天人合一，强调人与自然要和谐统一；而功能医学研究的是自然环境遭到现代科学的破坏后，我们如何保护健康，减少慢性疾病的发生和发展。

根据特性化的病因，给予个性化的治疗方案”的原则 功能医学在治疗病患的过程中，是以病人为中心，而不是以疾病为中心。功能医学反复强调的是：一种功能的失衡可以导致多种疾病的产生；而一种疾病的产生可能是不同功能失衡的结果。

中医学能够辨证地看待病和证的关系，既可看到一种病包括几种不同的证，又看到不同的病在发展过程中可以出现同一种证。因此在临床治疗时，就可以在辨证论治的原则指导下，采取“同病异治”或“异病同治”的方法。其次，辨证论治很注意“人、病、证”三者之间的辨证关系，强调因人而异的特殊性，而不是病的一般性，即是强调个体的差异性。由于证有动态的特点，从而决定了辨证论治是一种动态的诊疗体系。

功能医学主张要注重平时的功能储备，始终让机体处于一个健康运行法状态，防止功能紊乱的发生；对于机体已经功能下降，出现症状，要让机体功能迅速恢复平衡；对于机体的平衡被打破，发展到严重的症状乃至疾病状态，要寻找疾病产生的根源，阻止疾病的发展。

预防医学在中医里称为摄生学说，是阐述主动顺应自然规律、增强体质、预防疾病以及病后调养、防病复发，以达到延年益寿的理论和方法的学说。预防疾病的发生，主要通过五个方面：调摄精神；调节饮食，劳逸适度；锻炼身体；适应气候变化，避免外邪侵袭；人工免疫。

功能医学也讲究“药补不如食补”，功能医学很多营养素就是植物中提取的植物化合物。中药是以动、植物药为主，与人体自身结构相近似，因而药性平和，毒、副作用小。不少中草药具有提高机体免疫功能和保健强身的作用。

中医是宏观学说，西医是微观学说，可以说功能医学是从分子角度，从生理、生化机制上更好地论证了中医的科学性。