行为治疗的具体方法虽然有很多，但其治疗流程却有许多相似之处，大都包括以下几个方面：

来访者的非适应性行为往往不是由单一因素引起的，而是多种因素（生物、心理、社会因素）综合作用的结果。只有比较准确地把握了这些影响因素，才能奠定有效咨询的基础。

来访者的非适应性行为往往十分复杂，其中有主要的，也有次要的；有“原发性的”，还有“继发性”的。因此，需要把来访者非适应性行为的主要表现确定下来，即把需要矫治的靶行为确定下来，作为治疗的目标。然后观察、检查、记录来访者非适应性行为的严重程度与出现的频度，并列出治疗前症状表现的基线，以此作为治疗时的对照指标。例如对焦虑，就可按照所规定的轻、中、重的等级标准，确定其表现的严重程度与出现的频度。这项工作的完成为下一步制定恰当的治疗方案打下了基础。

行为治疗的实施方案和程序虽然是由治疗师制定的，但实施过程必须取得来访者的主动配合才能成功。行为治疗从表面上看，治疗师是主动的，来访者是被动的，但实际上，必须要求双方密切配合，特别是来访者的主动配合，这是行为治疗能否取得理想疗效的关键。因此，在治疗开始之前要向来访者说明行为治疗的目的、意义和方法，使其消除由于无知而产生的不必要的疑虑和心理阻抗，从而主动配合治疗。

行为治疗技术种类繁多，但每种方法都有其一定的适应证范围。在开始进行行为治疗时必须根据靶行为的临床特点、治疗目的，选取一种或两种最为恰当、最可能取得可靠疗效的行为治疗技术。有时，为了提高疗效，还需配合一定的药物或治疗器械，作为综合性的治疗措施。

治疗过程中，治疗师根据选用的治疗技术本身特点和靶行为的性质、特点、形成原因以及治疗目的（例如，是对靶行为进行消退、改造，还是进行重塑，或是形成新的行为以取代旧有的行为），给予相应的正强化（如表扬、鼓励或物质奖励等）或负强化（如批评、疼痛刺激或撤销奖励等），并且在整个治疗的过程中针对行为改变的具体情况而变换方式，以达到最佳疗效。

由于来访者的非适应性行为大多数是经过相当长的时间逐渐形成的，而且形成的原因也很复杂，所以不经过一定的疗程难以治愈。因此，在治疗开始以后就需要根据治疗情况的变化，对治疗方法与措施作适当的调整。

行为治疗一般都是在专门的治疗情境（如治疗室）中进行，来访者有可能在特殊的治疗情境中是有效的，能否将疗效迁移到日常生活情景中，这是行为治疗经常碰到的一个难题。可能的解决方法之一，是根据归因理论，特别是“归因-维持模型”，通过改变归因，强化来访者的“行为自由感”和“自我引导感”（sense of self initiation），训练他们的抗干扰能力。

以戒毒治疗一案为例说明其治疗过程。

“一朝吸毒，十年戒毒，终身想毒”，这是人们对毒瘾顽固性的形象描述。事实上，很多戒毒者经过系统的生理、心理治疗后，回归社会前，都满怀自信，认为这次一定能戒断，不会再吸了。可是一旦再次面对毒品，或是以前与吸毒有关的人和环境，就会把持不住自己，再次滑入毒品的泥潭。

为解决这一问题，心理治疗师将暴露治疗和生物反馈治疗相结合，建立脱瘾训练室，设计了容易诱发复吸的酒店包厢场景，让戒毒人员暴露在这样的场景中，经受强烈负性情绪的冲击，从而提高对这一环境的适应性，增强其戒断毒瘾的意志力。心理治疗师设计了放松导入、暴露刺激和情绪疏导三阶段操作法，每个疗程为3～6次。

毒瘾者小培在接受脱瘾训练前，觉得自己在戒毒所有了快2年的戒毒经历，应该对毒品和吸毒的场景有比较强的抵御能力了。可是当他走进脱瘾训练室时，立即显得手足无措。当蒙在玻璃柜上的布揭开，露出里面的香烟、白色粉末和注射器的时候，他下意识地把手伸了过去，咣的一声撞在玻璃上，随即尴尬地缩了回去。连接在他额部和左手中指上的电极测量计显示，他的肌肉电位波动得很厉害，皮肤温度明显偏低。这表明小培面对模拟场景和器具的时候，心情是非常紧张的。在心理咨询师的指导下，经过6次冲击治疗训练，小培面对同样的场景，肌肉电位已经处于较低水平，而且基本平稳，皮肤温度则升高了很多，最高达到37℃。这表明他已经能够在这种场景下保持镇定。

现在的小培，戒毒已经2年多了，一直保持着操守。有一天他给心理咨询师打电话，说前两天和女朋友闹别扭后，径直去以前“拿粉”的地方，在推对方门的一刹那，突然想到脱瘾训练的一幕幕，于是毅然转身回家，感觉好险啊。