国中合战

由于大乘院与一乘院的对立，兴福寺别当的控制力大减，一乘院、大乘院两门迹实际上掌握着大和的守护职权。然而，其职权范围却无法达到南部的宇智、吉野、宇陀三郡，基本上只能控制奈良与国中（奈良盆地）一带。

应永十二年（1405）八月，幕府将宇陀郡交与兴福寺大乘院管理。然而，割据宇陀郡的泽、秋山两氏强占宇陀郡内的兴福寺领属庄园，与其对抗。（《宇陀郡奉行引付》）他们原本是南朝一方的武士，奋起反抗幕府一方的兴福寺实属理所应当。此外，同为南朝一方的多武峰寺⑲（现在的谈山神社）也侵入宇陀郡，与兴福寺相争。因此，兴福寺并未实际支配宇陀郡。

应永二十一年五月，多武峰寺与泽氏发生纠纷，由于多数国民介入此事，一场大规模的纷争爆发了（国中合战）。四代将军足利义持虽下达停战命令，却未收实效。幕府遂命令兴福寺别当东院光晓出面制止争端。接受幕府之命的兴福寺学侣和众徒协助幕府使者出面调停，支援泽氏的越智氏遂应幕府要求，表示撤兵，多武峰寺的僧人却对幕府使者暴力相向。（《兴福寺日次记》）

幕府再度派遣使节，两军终于撤兵。兴福寺的学侣、众徒就防患之策协商，认为国民们以个人理由擅自发起军事行动是造成大和国内乱的原因。于是他们向幕府传达自己的意见，应该叫停国民之间的“私战”，凡有纷争应由幕府裁决解决。

同年六月二十日，幕府依照兴福寺的愿望，命令众徒二十六人、国民二十八人于次月五日之前上京。七月八日，幕府对上京的众徒和国民下达了七项要求，主要内容是：“今后无幕府命令擅自私战者，处以流放大和之外的刑罚，并没收领地。协力者连坐。即便有两门迹指示，也不得擅动。凡有问题，应向幕府上诉。反之，若是幕府下达了讨伐命令，即便讨伐对象是亲属也绝不可饶恕。”众徒和国民提出起请文⑳，宣誓遵守命令。（《寺院事条条闻书》）

起请文里面还有对兴福寺宣誓忠诚的条文，有的研究者认为，“幕府对众徒和国民的处置也反映了兴福寺的愿望”。然而，要依靠幕府才能解决问题，正体现了兴福寺的衰微。如今的兴福寺，若无幕府为后盾，已无法阻止众徒和国民的肆意妄为了。幕府于十月又命令兴福寺学侣二十四人上京，让他们宣誓绝不追求私利私欲，专心修行佛道。幕府也看得很明白，正是学侣的腐败导致了众徒和国民的嚣张跋扈。