在1975年中华医药学会肛肠专业委员会就提出了肛瘘的分类方法，虽然在以后的使用中也进行了一些修改，但仍是目前我国最常用的肛瘘的分类方法。在这个分类方法中，将肛瘘根据瘘管和内、外口的多少分为复杂性肛瘘和单纯性肛瘘，有一个内口、瘘管、外口的肛瘘称单纯性肛瘘，有两个或两个以上内口或瘘管、外口的肛瘘称复杂性肛瘘；而根据瘘管与肛门外括约肌关系，分为高位肛瘘和低位肛瘘，以肛管外括约肌深部为标志，瘘管经过此线为高位，在此线以下为低位。根据这个分类方法，我国通常将肛瘘分为以下四个类型。

只有一个瘘管或内外口、瘘管通过肛管外括约肌深部以下，内口在肛窦附近。

瘘管在肛管外括约肌深部以下，外口和瘘管有两个以上，内口一个或几个在肛窦部位（包括多发性瘘）。其中马蹄形肛瘘呈环形或半环形围绕肛管，外口在肛门部两侧，内口多在截石位6点（后马蹄形）或12点处（前马蹄形）处。

仅有一条瘘管，瘘管穿过肛管外括约肌深部以上，有一个内口。

有两个以上外口，瘘管有分支，主管穿过肛管外括约肌深部以上，有一个或多个内口。其中高位马蹄形肛瘘的瘘管主要在肛管外括约肌深部环形或半环形围绕肛管，外口在肛门两侧，内口多在截石位6点（后马蹄形）或12点（前马蹄形）处。

该肛瘘分类方法相对比较简单，依靠临床常规检查就可以进行分类，适合于推广应用。但该分类方法没有确切地将瘘管和括约肌之间关系阐述清楚，对手术的指导意义有限，而且缺乏客观的指标，难以进行科研对照。

目前临床应用最为广泛的肛瘘分类是Park分类。Park分类根据肛门自控肌层将肛瘘主要分为四类：

瘘管走形在括约肌间隙，是最常见的肛瘘，大约占所有肛瘘的70%。

此类肛瘘通常为坐骨直肠窝脓肿破溃或引流后形成，瘘管从内口经过内、外括约肌到达外口，大约占所有肛瘘的23%。直肠阴道瘘同样经过内外括约肌，将在专门章节中叙述。

主要来源于肛提肌上脓肿。瘘管从耻骨直肠肌上方，经过耻骨直肠肌、内外括约肌，再到肛周皮肤，内口通常位于齿线部，约占肛瘘的5%。

大约占全部肛瘘的2%。瘘管从肛提肌以上的直肠开始，穿过肛提肌，在肛门外括约肌的外侧向下到达肛周皮肤，内口通常位于直肠壶腹。主要由于异物穿透、克罗恩病、癌症等引起。医源性损伤也是主要原因之一。