活动性瘘管内充满脓液和肉芽组织，在T2加权或STIR序列中显示为长的高信号结构（图3-1）。在一些反复发作或多次手术的患者中，瘘管壁会相应增厚，表现为活动性瘘道被低信号的纤维组织壁所包裹。偶尔，在这些纤维组织中看到一些高信号影，这主要是因为组织水肿所致。同样，高信号影可能出现在瘘管或纤维管壁之外，这代表邻近组织的炎症反应。

MRI能够清晰显示外括约肌，在T2加权或STIR序列中为低信号结构，外侧方为高信号的坐骨直肠窝脂肪。因此，很容易分析瘘管是穿过外括约肌或跨过外括约肌。如果原发主管完全限制在外括约肌内侧，这应当是括约肌间瘘（图3-2）。反之，任何在坐骨直肠窝中出现的瘘管证据，均提示为非括约肌间瘘。但是，经括约肌肛瘘、括约肌上方瘘和括约肌外侧瘘MRI影像类似，都突破外括约肌。这三者之间只能依靠内口的位置，以及原发瘘管的行径来区别（图3-3，图3-4，图3-5）。