前面我们（见问题16）已经提到，单倍体相合移植具有许多优点。然而，单倍体相合造血干细胞移植自身也有不足之处，如移植后感染、移植物抗宿主病的发生率要多于同胞全相合移植，这些移植相关合并症的处理需要更多的费用。此外，与HLA相合同胞造血干细胞移植比较，单倍体相合造血干细胞移植的预处理方案所应用的药物种类多、剂量大，因此单倍体相合移植比HLA相合同胞移植所需治疗费用相对更高。