在化疗期间发生过真菌感染的患者在经过充分有效的治疗，病变得到控制后可以进行造血干细胞移植，移植过程中患者需要继续接受抗真菌治疗。有些真菌感染的患者在化疗期间经过充分有效治疗，病变已完全吸收，且已经停用抗真菌治疗，在造血干细胞移植过程中这些患者仍然需要应用原来有效的抗真菌药物进行预防性治疗。经过上述治疗和必要的预防多数患者能够顺利完成造血干细胞移植。