目前免输血外科还在发展阶段，其临床应用仍存在一定的争议。其最主要的不足之处是其安全性和手术过程中出现特殊情况时异体输血的决定权两个方面。

所有的外科技术均有风险，免输血外科也不例外，其安全性至今仍有一定局限。免输血外科的实施往往依赖血液系统的代偿功能，当减少和控制出血的方法和措施超出其有效的范围或失败时，患者出血可能会超过机体的代偿能力，此时将危及患者的生命安全。因此，很多外科医师对没有备血的情况下实施大型手术或免输血外科手术存有疑虑。

免输血手术过程中当出现难以控制的大出血等特殊情况时，需要输注异体血的决定权是否由患者自己掌握，也是备受争议的问题之一，同时也给免输血外科带来了极大挑战和风险。一方面，某些宗教信仰患者坚决地拒绝输注异体血，有可能会干扰正常医疗活动。若术前不准备异体血液就进行手术，患者术中一旦出现难以控制的大出血，就可能危及患者生命安全；而另一方面，如果不考虑患者的宗教禁忌而强制进行异体输血，医护人员有面临患者诉讼的风险，同时也需要面对术中异体血液所带来输血不良反应、经输血传播疾病等风险。因此，免输血外科中，特殊情况下输注异体血液的决定权之争已经超出医学界的范畴。医师“救死扶伤”的医德与宗教信仰之间的矛盾，目前还难以完全解决，随着免输血外科技术的发展和成熟，将来有可能解决这一棘手问题。