一般认为腹腔镜手术是治疗良性附件囊肿的领先技术，因为其有住院时间短、术后疼痛少、患者恢复快的特点。与传统的开腹手术和腹腔镜手术治疗良性附件囊肿的对比研究显示，腹腔镜术后疼痛、患者住院时间和患者术后恢复方面有明显优势。卵巢刺激和卵泡穿刺增加卵巢代谢，从而可能导致不成熟的卵母细胞的生长比未处理的卵巢的卵泡的生长结束早。卵巢刺激本身是任何人工生殖技术的核心，因为它使精子注射及细胞分裂中期Ⅱ的卵母细胞与相应精子或单个精子配对成为可能性。如果避孕和持续不排卵已经有20年，当患者接近更年期时，残余的潜在排卵的卵泡数会增加。

根据WHO对卵巢功能不全、闭经的分类，只有第2组、4组和5组是难以治疗的。第2组和第5组的患者通常对卵巢刺激有反应；排除垂体肿瘤后，第5组患者应给予多巴胺受体激动剂。其他组的患者都可以刺激诱发排卵。第3组中的患者才是真正的问题。

生育年龄的妇女只有在良性增生性肿瘤和囊肿的形成对内分泌治疗产生抵抗的情况下才切除卵巢。在恶性变的情况下，需要切除性腺。现在的目标始终应该是保留尽可能多的卵巢组织，因为它是女性健康必需的性腺生殖组织的载体。恶性病变会发生快速的局部淋巴系统转移。由于这个原因，任何卵巢恶性病变需要行根治性手术包括切除双侧卵巢、子宫、大网膜及清扫盆腔及腹主动脉旁淋巴结。卵巢的局部小癌灶（ⅠA期）转移到腹主动脉旁淋巴结，即使只转移到一个淋巴结，一旦扩散到FIGO分期的ⅢB期则需要进一步的化疗。ⅠA期可通过必要的单一的根治性手术治愈。腹腔镜下卵巢手术似乎是治疗卵巢良性病变的选择，尤其是因为手术可以在高倍视野下进行。腹腔镜手术只能在经过足够的训练后、具有必要的谨慎性和手术技巧后进行。如果可能的话，手术结束时应进行防粘连处理。

PCOS治疗方法有腹腔镜下卵巢打孔术和激素治疗，如枸橼酸氯米芬或FSH联合二甲双胍或炔雌醇环丙孕酮联合二甲双胍。支持65岁前切除子宫时摘除卵巢术的主要论点是没有了卵巢恶变的可能。反对它的主要论点是增加了冠心病和心肌梗死的风险。虽然现在对绝经后较年轻的妇女是否应该在切除子宫时同时摘除卵巢仍有争议，但是65岁及以上的妇女应该摘除卵巢，因为卵巢恶性变的风险似乎会进一步增加。

因为排卵在女性健康及生育期起着核心作用，所以要努力保护由于潜在的不孕治疗而有丢失卵巢功能风险的患者的生殖能力。虽然ART后胚胎冷冻保存是相当有效的，但是不同的卵母细胞冻存技术所取得的结果却令人失望，尤其是那些缓慢冻存程序获得的结果。快速冷冻技术被称为玻璃化冷冻重新燃起了卵母细胞冻存的希望。某些修改，特别是将储存液体减少到最少，已明显提高了玻璃化解冻卵母细胞的妊娠率。越来越多的受过良好的训练和教育的高龄职业女性正在计划怀孕。上面讨论的技术可被用来推迟妊娠而不增加高龄产妇相关的遗传风险。

放疗和化疗常常在成功治疗癌症后让女性卵巢早衰。许多造血系统和外生殖器恶性肿瘤可通过冻存的卵母细胞、胚胎或卵巢组织的癌前治疗来防止卵巢早衰，生殖器以及其他癌症有时通过把卵巢移至骨盆上缘而免受辐射来防止卵巢早衰。生殖力保护是一些欧洲生殖专家与肿瘤学家一起工作来保护女性和有特殊情况男性的生殖能力。

有卵巢良性肿瘤的生育年龄患者，应特别注意在手术时尽可能减少对卵巢的损伤，以尽可能多的保护卵巢生殖力及储备卵泡。因此，腹腔镜手术已成为一种被广泛接受的标准。然而，在有恶性肿瘤的情况下，必须立即行根治性性腺切除、子宫切除、大网膜切除术或淋巴结清扫术。有一些共识认为，子宫切除时保留卵巢可能更倾向用于年龄达到65岁的患者。然而，在做出决定前，患者的卵巢恶性肿瘤家族史、遗传倾向和患者的意愿须考虑在内。