试验中获得的血药浓度数据与真实值之间会存在一定的测量误差，不能将测定数据直接套用前文所述的各种方程直接进行药代动力学参数的计算。需要通过拟合的方式，使计算得到的血药浓度值(拟合值)与实测值之间的偏差在允许的范围内，此时拟合才算成功，通过拟合方程求算的药代动力学参数才不失真。

鉴于药代动力学数据拟合比较复杂，用手工计算耗时、费力，且容易出错，目前主要采用药代动力学软件来完成各种药代动力学参数的计算。

目前国内有许多商品化的药代动力学软件可以使用，常见的如:①中国药理学会数学专业委员会于20世纪80年代编著的3P87以及其升级版3P97，该软件基于DOS系统运算;②皖南医学院孙瑞元教授编著的DAS(最新版本号为2.1.1)，该软件是基于Windows系统，使用Excel电子表格输入和输出数据;③美国Pharsight公司开发的WinNonlin软件(最新版本号为6.0)，为国际公认的药代动力学计算软件，该软件同样是基于Windows系统，可用Excel电子表格输入和输出数据。

目前商品化的软件，其非房室模型的计算原理基本相似。首先对消除相的数据进行非线性回归(拟合)，求得消除速率常数，然后通过实测数据和得到的消除速率常数计算出一系列药代动力学参数如 t _max、 C _max、 AUC _{0－ t}、 AUC _0－、 Cl/ F、 V/ F等参数。由于目前主要采用非房室模型进行药代动力学的计算，因此消除相拟合的优劣直接影响着半衰期等参数的准确性。WinNonlin软件可以对消除相后期的点进行有选择的拟合，可以消除个别异常数据点对半衰期等参数的影响。计算结束后，可以通过目视的方法来判断拟合得是否准确。对于房室模型的药代动力学参数，不同的软件计算方法不同，其结果会有稍微差异。拟合后也要进行拟合效果的检验，目前有AIC判据、 F检验、目视检测等方法。

具体各个软件的使用方法和注意事项请参考各自的说明书。