少数病例（尤其是≤3岁者）可在发病1～5天左右出现脑炎（以脑干脑炎最为凶险）、脑脊髓炎、脑膜炎、肺水肿、循环衰竭等，极少数病例病情危重，可致死亡，存活病例可留有后遗症，主要见于EV71型感染。①神经系统表现：包括病毒性脑脊髓膜炎和（或）脑脊髓炎。临床表现为精神萎靡、嗜睡、头痛、呕吐、易惊、谵妄甚至昏迷；肢体抖动、肌阵挛、眼球震颤、共济失调、眼球运动障碍；无力或急性弛缓性麻痹；惊厥。查体可见脑膜刺激征，腱反射减弱或消失，巴氏征等病理征阳性；危重病例可表现为频繁抽搐、昏迷、脑水肿、脑疝。②呼吸系统表现：主要包括病毒性肺炎和肺水肿。呼吸浅促、呼吸困难或节律改变，口唇发绀，咳嗽，咳白色、粉红色或血性泡沫样痰液；肺部可闻及湿啰音或痰鸣音。神经源性肺水肿表现为起病第1～3天内突然发生心动过速、呼吸窘迫、发绀和休克，胸片示双侧对称性非心源性肺水肿，90%于发病后12小时内死亡。高血糖、白细胞升高与急性弛缓性瘫痪是发生神经源性肺水肿的高危因素。③循环系统表现：主要包括病毒性心包炎和（或）心肌炎。常见窦性心动过速或过缓、早搏、异位心动过速、房室传导阻滞和ST-T异常、病理性Q波等心电图改变，C反应蛋白、心肌酶同时升高。临床表现为面色苍灰、皮肤花纹、四肢发凉、指（趾）发绀；出冷汗；毛细血管再充盈时间延长。心率增快或缓慢，脉搏浅速、减弱甚至消失，血压升高或下降。