南科院目前建有南京(院本部)科研及科技创新基地、铁心桥水科学与水工程试验基地、滁州综合水文实验与坝工试验基地、杭州农村电气化与再生能源研发基地、当涂科学试验及科技开发基地、无锡河湖治理研究基地等6大功能基地。