病原微生物实验室生物安全风险管理是保障生物安全的核心工作，病原微生物实验室的风险评估是建立健全风险管理体系的基础，完善的风险评估制度对于保证实验室生物安全具有非常重要的意义。规范的风险评估工作应始于实验室设计建造之前，实时评估于实验活动之中，阶段性再评估于使用之后。风险评估应基于病原微生物危害程度分类以及相关背景资料的基础上，同时考虑实验室活动中可能涉及的暴露或潜在暴露因素、意外事故、实验室设施设备、个人防护、废弃物处置、实验室保安、人员素质、火灾、水灾等因素。通过对各因素的风险识别与分析，提出降低风险的措施，评估采取措施后的残留风险，并建立再评估方案与制度。风险评估可帮助生物安全实验室设计者及使用者确定实验室的规模、设施要求与合理的平面布局，帮助操作者正确选择生物安全防护水平（设备和操作）及个体防护装备，制定相应的操作程序、预防风险发生和可能发生风险后的处置方案及相关管理规程，以便实验室在运行过程中可采取适宜的安全防护措施，从而减少危险性事件发生，将工作人员暴露的危险和环境污染降到最低限度。