人类为什么不是雌雄同体？ WHY ARE PEOPLE NOT HERMAPHRODITES？
到现在为止，本书涉及的理论尚未解释性别存在的原因。为什么不是每种生命体都是雌雄同体？如此一来，便既可以混合别人的基因，又可以避免身为雌性却不得不为雄性牺牲呢？谈及此处，那世界上为什么非得有两种性别，即使是在雌雄同体的生物中也是如此呢？为什么不能让两性都具有相同的基因？若不先解决“为何要有性别”的问题，“为何要有性”的问题便无从说起。
事实上，这个问题是有答案的。本章节所涉及的是红皇后效应中最奇特的部分，它有一个很乏味的名字——基因冲突，说得直白些，就是探讨和谐与自私、体内基因的利益与冲突、自行其是的基因和违法乱纪的基因。该理论认为，许多有性生物的特质，都是由这一系列冲突引发的，而不是为了个体的便利。这个现象造就了进化过程不稳定性与相互反应的状态。
实际上，人类身体里的30000对基因，就好像居住在村庄里的75000个村民一样，各自扮演着它们的角色。在人类社会中，自由企业和社会合作之间总是矛盾重重，人体内的基因活动也是如此。没有合作，社会也就不能成其社会。若每个人都为了个人利益而牺牲他人的利益，甚至不惜说谎、诈骗、偷盗以获取财富，那么一切商业活动、政府活动、教育活动以及体育活动都会因遭遇信任危机而不得不停止。同理，如果基因间没有合作，它们所居住的人体就不能将基因传给后代，因为没有合作，就无法形成人体。
上一代的大部分生物学家还不能理解其中的“玄机”。他们会认为基因又没有意识，当然不会合作。在人们眼中，它们只是一群听从指令、毫无生命可言的分子，促使它们井然有序地工作、创造人体是神奇的生化过程，并不是民主决策。但是，在威廉姆斯和汉密尔顿引领的革命中，越来越多的生物学家认为，基因类似积极而又精明的个体。不过这并不是说，基因会思考或者会为了未来的目标而奋斗，起码稍微严谨一些的生物学家不会这么认为。但不寻常而又符合的目的论事实告诉我们，进化是自然选择的过程，而自然选择意味着只有强大的基因才能够增强自身存活的机会。因此，现在的基因就是最初适合传给后代的基因的后裔。那么，能够促进自身存活机会的基因，是为了生存而从事这些工作的。通力协作来组成完整的人体是基因有效的生存策略，正如精诚合作来经营一个城镇是人类成功的社会策略一样。
然而人类社会并没有达到理想的互相合作的状态，自由企业之间的竞争是不可避免的。苏联的共产主义模式就恰恰说明了这一点，它的构想简单而美丽——社会成员各尽所能，按需分配。但构想和实际总是相差甚远。人们想不明白为什么在这种体制中，自己付出了艰辛的劳动，却得不到应有的奖励，反而要与他人分享自己的劳动成果。而且，苏联共产主义模式下的强制合作极易受到个人自私和野心的破坏。同样，若体内的某种基因可以增加个体的生存机会，但却阻止了人类的繁衍或这种基因并不能通过繁衍遗传下去，那么该基因必定灭亡，它的功能也会随之消失。
在合作与竞争中寻找平衡点一直是西方政治几百年来的目标。经济学家亚当·斯密认识到，适度释放个人的野心比计划经济更能满足个人的经济需求。然而就算是推崇自由经济的亚当·斯密，也不能宣称自由市场会创造出理想社会“乌托邦”。当今自由主义的政治家都会倡导对个人行为采取管理、监督和征税等措施，以防止一些商人为了满足个人私利而伤害了别人的利益。史密斯热带研究所的生物学家埃格伯特·利（Egbert Leigh）指出：“人类文明尚需利用智力创造一个社会，容许为社会公益服务的人，进行自由竞争。”基因世界也面临着同样的问题，每个基因都会尽其所能，把自己延续到下一代。基因之间的合作很明显，竞争也同样明显。但正是竞争导致了性别的产生。
几十亿年前，生命从太古汤中出现。牺牲他人来无限复制自己的分子越来越多，其中的一些分子发现了分工合作的好处，于是它们开始集合成染色体来管理细胞，细胞帮助它们更有效地完成了染色体的复制。以同样的方式，一小批农民、铁匠和木匠组成了合作单位，我们现在将之称为“村庄”。染色体逐渐发现有几种细胞可以结合成超细胞，就如同一些村庄逐步发展成为部落。一组各不相同的细菌就这样进化成为现在的细胞。那些细胞逐步结合进而演变成了如今的动物、植物和真菌等大的基因聚合体，正如部落发展成诸侯国，诸侯国又进一步发展成帝国一般。
社会若没有法制来保护公共利益，自私自利之风势必盛行。基因世界亦是如此。后代对于某基因的评价标准只有一个：它是否成为其他基因的祖先。在很大程度上它必须牺牲其他的基因以达到自己的目的，就像大部分人为了获取财富都会试图劝说（合法或非法的）别人舍弃应得的利益一样。如果基因没有同盟，所有其他基因都会成为他的敌人。假如基因一旦结盟，由于拥有共同的利益，它们就会一同攻击敌对的同盟，分享胜利成果。这种情况正如波音公司的员工因公司业绩超过空中巴士而获利一样。
病毒和细菌的世界也大致如此，它们像是基因队伍中可随意调遣的车辆。基因队伍之间竞争相当激烈，但成员之间却十分团结。但当细菌结合成细胞，细胞变成了有机体时，这种和谐就会被打破，其原因下面就会谈到。它必须由“法律”和“官僚机构”重新规定。
即使在细菌的层面，上述情况也不一定完全适用。我们思考一下，在细菌群中出现一个新的增压突变基因，它比同类其他基因优秀，但它的命运还是取决于整个团队的质量。更通俗地说，就像优秀的工程师就职于一个没有发展的小公司中或杰出的运动员被困在二流队伍中，他们当然会选择跳槽。所以我们也预期细菌基因会发明一种方式把自己从一个细菌个体转移到另一个细菌个体中。
基因的确这么做了，我们称之为“接合”，人们普遍认为它是性的一种形式。两种细菌由狭窄的管子连接，交换一些基因的副本。与性不同的是它不会产生新的基因，这很罕见。但从其他任何方面来看，它就是性，是基因的交易。
渥太华大学的唐纳尔·希克利（Donal Hicrey）和加利福尼亚大学的迈克尔·罗斯（Michael Rose）在20世纪80年代初首次提出细菌的性不是为了细菌，而是为了单个基因出现的，即为了球员而不是整个球队。这就是说，基因为了个人的利益而牺牲了队友的利益，离开了现有的团队转入了更优秀的队伍。他们的理论不能全面地解释为什么性在动物界和植物界如此普遍，也不足以挑战之前所讨论的理论。但他们却指出整个性过程是如何开始的，也就是说，揭开了性起源的面纱。
从个体基因的角度来说，性可以横向或纵向拓展。如果基因可以使它的载体产生性，对它自身来说就是一种优势（更恰当的说法是，它更有可能为自己留下后代），即使这对个体来说也许是一种伤害。正如狂犬病毒使狗见什么咬什么，这样一来，病毒就可以传播到其他狗的身上。基因也是如此，它使载体拥有了性，那么它便可以进入别的谱系中。
唐纳尔和罗斯对所谓转座子或跳跃基因十分感兴趣。跳跃基因能够从染色体中分离再黏合到其他染色体上。1980年，两组科学家同时得出一个结论，转座子以牺牲其他的基因为代价来传播自己的复制版本，它是自私或寄生物DNA的典型例子。科学家没能找出跳跃基因对个体有利的原因，而是指出它不利于个体却有利于跳跃基因。行凶抢劫者和违法乱纪之徒对社会都是有害的，他们自私自利，是损人利己的。这种跳跃基因在理查德·道金斯眼里就是一种“违法基因”。唐纳尔注意到跳跃基因一般出现在远系有性繁殖中，在近亲交配和无性生殖之中则极为少见。他利用数学公式进行计算，结果表明寄生基因即使对寄主个体有不良的影响，但它依然大有用处。他还发现一些酵母菌寄生基因在有性生殖中传播迅速，而在无性生殖中则较为缓慢。这类基因大多在质体或单独的DNA链上。事实证明，细菌中的质粒可以引发接合作用，并依靠接合作用传播。这种情况恰似狂犬病毒促使狗乱咬一气，从而使病毒得到扩散。此种流氓基因与感染病毒之间似乎没有明确的界限。