过去人们认为肛瘘是感染了结核菌而导致的一种结核性疾病，而现在大部分专家认为肛瘘产生的主要原因是细菌感染，其中常见的致病菌是大肠杆菌。
一般情况下，腹泻患者、排便时用力过大的人，以及肛窦先天较深的人容易患肛瘘。此病多见于年轻、身体结实的男性，主要是因为饮酒容易引发腹泻，而且他们排便时，大便冲击肛管的力量较大，从而引发肛瘘。
