序录
上药一百二十种为君，主养命以应[1]天，无毒，多服久服不伤人。欲轻身[2]益气，不老延年者，本[3]上经。
中药一百二十种为臣，主养性以应人，无毒有毒，斟酌其宜。欲遏[4]病补虚羸者，本中经。
下药一百二十五种为佐使，主治病以应地，多毒，不可久服。欲除寒热邪气，破积聚愈疾者，本下经。
三品合三百六十五种，法[5]三百六十五度[6]，一度应一日，以成一岁。
注释
[1]应：顺合，适合。
[2]轻身：使身体轻盈。
[3]本：根据，依据。
[4]遏：阻止。
[5]法：仿效。
[6]度：天体的运行的度数。
译文
上等的药物有一百二十种，作为君药，以养护生命为主，符合“天道仁育”之德而与天相应。无毒，服量较大或长期服用都不会损伤人体。想要使身体轻健、气力充沛，以及避免衰老、延长寿命的人，应该依照《本经》上卷所载来选取上等的药物。
中等的药物有一百二十种，作为臣药，以调养性情为主，符合“人怀性情”之德而与人相应。有的无毒，有的有毒，应慎重考虑药物的适宜病症而加以选用。想要祛除疾病，或者补虚强体的人，应该依照《本经》中卷所载来选取中等的药物。
下等的药物有一百二十五种，作为佐使之药，以治疗疾病为主，符合“地体收杀”之德而与地相应。多数有毒，不能长期服用。想要祛除身体感染的寒热邪气，或破除体内积聚的病理产物，以使疾病痊愈的人，应该依照《本经》下卷所载来选取下等的药物。
三品共三百六十五种，效仿了日月星辰等天体之运行度数，即一度应一日，三百六十五度而成一年。
按语
此节论述了三品分类的原则，上、中、下三品药物的特点，以及所依据的法度。
药有君臣佐使，以相宣摄[1]。合和[2]者宜用一君、二臣、三佐、五使；又可一君、三臣、九佐使也。
注释
[1]宣摄：收放。宣，疏导发散；摄，收敛控制。
[2]合和：调制。
译文
药物在配合使用的过程中，需要进行君药（起主要作用的药物，如同一国之君主）、臣药（辅助君药的药物，如同一国之重臣）、佐药（配合君臣药的药物）和使药（起协调作用的药物）的区分，以使药物之间能够相互协同或彼此扼制。药物的调制选配，一般应采用一味君药、二味臣药、三味佐药、五味使药的规格；有时根据实际情况也可以采用一味君药、三味臣药、九味佐使药的规格。
按语
本节论述了在处方中药物配伍的方案，它与《素问·至真要大论》君臣佐使配伍是不同的。
药有阴阳配合，子母兄弟[1]，根叶华实，草石骨肉。
注释
[1]子母兄弟：据尚志钧《神农本草经校注》，子母指药物衍生关系。如藕生莲，藕为母，莲为子。丹砂生水银，丹砂为母，水银为子。兄弟指药物亲缘关系。如苍术、白术，羌活、独活等，为同科属植物，有亲缘关系，喻为兄弟。
译文
药物的种类繁多，植物药多源于植物的根、叶、花或果实等，矿物药包括各种矿石，动物药取自动物的骨、肉等；各类药物之间遵循阴阳配合的规律，有些药物之间还存在母子一样的衍生关系，或者具备兄弟一般的亲缘关系。
按语
此节论述了药物之间有不同的关系，有着内在关联，使用时需要相互配合。
有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者。凡此七情，合和当视之。相须相使者良，勿用相恶相反者。若有毒宜制，可用相畏相杀；不尔，勿合用也。
译文
药物在实际使用过程中，存在着单行（单独使用）、相须（功效类似的药物协同为用）、相使（以辅药来提高主药的功效）、相畏（一种药物的毒副作用能被另一种药物所抑制）、相恶（一种药物能破坏另一种药物的功效）、相反（两种药物同用能产生剧烈的毒副作用）、相杀（一种药物能够消除另一种药物的毒副作用）七种关系类型，称为七情，在配伍药物时要考虑周全而加以取舍。应使用相须、相使的药物以增强疗效，避免使用相恶、相反的药物。如果使用的药物有毒，应该配伍与其相畏、相杀的药物以抑制其毒性，不然就不要选用这种有毒的药物。
按语
此节论述药物使用时的“七情”——七种不同的配伍形式，以及其产生的效果和宜忌。
药有酸、咸、甘、苦、辛五味，又有寒、热、温、凉四气，及有毒、无毒。阴干[1]、暴干[2]，采治[3]时月生熟[4]，土地所出，真伪陈新[5]，并各有法。
注释
[1]阴干：将药物放在透风而日光照不到的地方，使其慢慢风干。
[2]暴（pù）：同“曝”，晒。
[3]采治：采收和炮制。
[4]生熟：药物的炮制与否。森立之《本草经考注》云：“但干地黄、干姜条并云生者尤良，蛇蜕、蜣螂条共云火熬之良，贝子下云烧用之良，是仅似谓生熟可考。”
[5]陈新：指药物有宜用陈久者，如陈皮、半夏等，有宜用当年采收者。
译文
药物的药性，可概括为五味（酸、咸、甘、苦、辛）、四气（寒、热、温、凉）及有毒无毒。药物的采集、加工有各自的要求，体现为季节、月份及方式上的差别；如有些要求阴干，有些要求晒干；有些要选择未成熟的，有些要选择成熟的；有些要选择新鲜的，有些要选择陈年的。还有一些药物，只产自特定的地区，或者以特定地区所产的功效最佳；此外，还应注意不同药物之间的鉴别，避免用错。
按语
此节论述了药性理论中最重要的五味四气及毒性理论，并提出了采收、炮制、产地、贮藏、品质真伪优劣等思想。
药有宜丸者，宜散者，宜水煮者，宜酒渍者，宜膏煎者，亦有一物兼宜者，亦有不可入汤酒者，并随药性，不得违越[1]。
注释
[1]违越：违背逾越。
译文
药物的剂型包括丸剂、散剂、汤剂、酒剂、膏剂等多种，有的药物在使用中适合做成各种剂型，而有的药物则有所局限，比如，不适合做成汤剂或者酒剂。因此，剂型的确定，应该根据药物自身的性质，而非随意选择。
按语
本节论述不同药物剂型，有不同的宜忌。只有掌握这些规律，了解药性，而不能违背。
凡欲治病，先察其源，先候病机。五脏未虚，六腑未竭，血脉未乱，精神未散，食药必活。若病已成，可得半愈。病势已过，命将难全。
译文
凡要治疗疾病，首先应该诊察疾病产生的根源、了解疾病发展的机理。如果病人五脏和六腑尚未虚竭，血脉和精神尚未散乱，服药一定能痊愈。如果疾病已经发展到较为严重的阶段，身体必然受到严重的损伤，即使疾病得到控制，也难以恢复到健康状态。如果病势发展过甚，则性命不保。
按语
本节有两层意义，一是强调病因在治疗中的重要性；二是阐发“治未病”思想。
若毒药治病，先起如黍粟[1]，病去即止，不去倍之，不去十之，取去为度。
注释
[1]如黍粟：指药量宜小，如黍米、粟米样大小。
译文
如果用毒药来治病，开始时剂量须小，疾病消退应立即停止用药；如果最初的小剂量达不到祛病的效果，则使用加倍的剂量；还不行则使用十倍的剂量。总之，毒药的剂量应视病情而定，能少用绝不多用，以能够愈病为标准，万不可过量。
按语
本节论述使用“毒药”治疗的方案措施，即由小至大，直到合适的剂量。
寒以热药，治热以寒药，饮食不消以吐下药，鬼疰[1]蛊毒[2]以毒药，痈肿疮瘤以疮药，风湿以风湿药，各随其所宜。
注释
[1]鬼疰：一作鬼注。中医病名。《诸病源候论·鬼注候》：“注之言住也，言其连滞停住也。人有先无他病，忽被鬼排击，当时或心腹刺痛，或闷绝倒地，如中恶之类，其得瘥之后，余气不歇，停住积久，有时发动，连滞停住，乃至于死。死后注易傍人，故谓之鬼注。”指一些具有传染性和病程迁延的疾病。
[2]蛊毒：原是古代人畜养毒虫、毒蛇所作的毒物名。此处泛指多种致病的病原体。像今日的恙虫、血吸虫等。
译文
治疗寒病选用温热药，治疗热病选用寒凉药，饮食无法消化选用涌吐药或泻下药，鬼疰蛊毒选用毒药，痈肿疮瘤选用治疮药，风湿病选用祛风湿药。根据病症选用具有相应治疗功效的药物。
按语
本节论述对症治疗的原则。对症选药，效如桴鼓。
病在胸膈以上者，先食后服药；病在心腹以下者，先服药后食；病在四肢血脉者，宜空腹而在旦[1]；病在骨髓者，宜饱满而在夜[2]。
注释
[1]旦：早晨。
[2]夜：天黑的时间。
译文
病位在胸膈以上的患者，宜先吃饭后服药；病位在心腹以下的患者，宜先服药后吃饭；病位在四肢、血脉的患者，宜早晨空腹服药；病位在骨髓的患者，宜在晚上饭饱后服药。
按语
本节论述服药时间与疾病的关系。
夫大病之主，有中风、伤寒、寒热、温疟[1]、中恶、霍乱、大腹水肿、肠澼[2]、下痢、大小便不通、贲豚[3]上气、咳逆、呕吐、黄疸、消渴、留饮[4]、癖食[5]、坚积[6]、癥瘕、惊邪[7]、癫痫、鬼疰、喉痹[8]、齿痛、耳聋、目盲、金创[9]、踒折[10]、痈肿、恶疮[11]、痔瘘、瘿瘤；男子五劳七伤[12]、虚乏羸瘦，女子带下、崩中[13]、血闭[14]、阴蚀[15]；虫蛇蛊毒所伤。此皆大略宗兆[16]，其间变动枝叶[17]，各依端绪[18]以取之。
注释
[1]温疟：中医病名。疟疾的一种。临床以先热后寒（或无寒但热）为主证。又有风伤卫疟、阳明瘅疟等名称。《素问·六元正纪大论》：“火郁之发……注下温疟。”
[2]肠澼（pì）：中医病名。一是指痢疾。“澼”指垢腻黏滑似涕似脓的液体。自肠排出，故称肠澼。二是指便血。《古今医鉴》：“夫肠澼者，大便下血也。”
[3]贲豚：中医病名，同奔豚。《难经》列为五积之一，属肾之积。症见有气从少腹上冲胸脘、咽喉，发时痛苦剧烈，或有腹痛，或往来寒热，病延日久，可见咳逆、骨痿、少气等症。
[4]留饮：中医病名。属痰饮之一。为长期滞留不行的水饮。系因中焦脾胃阳虚，失于运化，津液凝滞所致。临床表现为口渴不欲饮，四肢关节酸痛，背部觉寒冷，气短，脉象沉等。
[5]癖食：《诸病源候论·癖食不消候》曰“癖者，冷气也。冷气久乘于脾……使人羸瘦不能食，时泄利，腹内痛，气力乏弱，颜色黧黑是也”。
[6]坚积：中医病名。属积聚的一种，为腹内结块明显的病症。
[7]惊邪：中医病名。属惊风之类。森立之《本草经考注》：“惊，本马骇之字，转注之人病善惊，亦谓之惊。此云惊邪者，后世所谓惊风之类也。急卒得病不知所因，故云邪云风。”
[8]喉痹：中医病名。指以咽部红肿疼痛，或干燥、异物感，或咽痒不适，吞咽不利等为主要临床表现的疾病。《素问·阴阳别论》：“一阴一阳结，谓之喉痹。”
[9]金创：指金属利器对人体所造成的创伤。
[10]踒折（wōshé）：下肢骨折。
[11]恶疮：中医病名。指严重而顽固的外疡。其临床特点为病程长，病位深，范围大，难敛难愈。
[12]五劳七伤：中医病候名。有多种不同解释。《诸病源候论·虚劳候》：“五劳者：一曰志劳，二曰思劳，三曰心劳，四曰忧劳，五曰瘦劳。”“七伤者：一曰阴寒，二曰阴萎，三曰里急，四曰精连连，五曰精少、阴下湿，六曰精清，七曰小便苦数，临事不卒。”
[13]崩中：中医病名。简称崩。指阴道忽然大量流血。《诸病源候论·崩中候》：“崩中者，脏腑伤损，冲脉、任脉血气俱虚故也。冲任之脉，为经脉之海，血气之行，外循经络，内荣腑脏，若无伤则腑脏平和而气血调，适经下以时，若劳动过度，致腑脏俱伤，而冲任之气虚，不能约制其经血，故忽然暴下，谓之崩中。”
[14]血闭：中医病名。即闭经。
[15]阴蚀：中医病名。亦名阴中生疮、阴疮、阴䘌、䘌、阴蚀疮等。即女科外阴疮蚀。《女科证治准绳》：“凡妇人少阴脉数而滑，阴中必生疮，名曰䘌疮。或痛或痒，如虫行状，淋露脓汁，阴蚀几尽者。”
[16]宗兆：主要的、根本的表现。
[17]枝叶：细节的表现。
[18]端绪：头绪，端倪。
译文
总体而言，大病主要有中风、伤寒、寒热、温疟、中恶、霍乱、大腹水肿、肠澼、下痢、大小便不通、贲豚上气、咳逆、呕吐、黄疸、消渴、留饮、癖食、坚积、癥瘕、惊邪、癫痫、鬼疰、喉痹、齿痛、耳聋、目盲、金创、踒折、痈肿、恶疮、痔瘘、瘿瘤，以及男子五劳七伤、虚乏羸瘦，女子带下、崩中、血闭、阴蚀，虫蛇蛊毒所伤等。上述所列都是主要的或是根本的病症，不同的疾病及不同的疾病发展过程还会出现其他次要的、局部的表现。临床上应根据疾病的不同表现来选取具有对应功效的药物。
按语
本节例举各种常见主要疾病名称。其“大略宗兆”提示对于其他疾病变化可以依此作为参照。