《古事记》与《日本书纪》——记纪的思想史
《古事记》均以汉字形式写成。虽有使用原日本语发音，但意思以汉字呈现，因此至今仍被认为是变体汉文。汉字音、训读分开使用，以下再次引用原文开头内容：
天地初发之时，于高天原成神名，天之御中主神。训高下天云阿麻。下效此。次高御产巢日神，次神产巢日神。此三柱神者，并独神成坐而，隐身也。
小字注解部分（训高下天云阿麻。下效此）意在告诉读者，“高”下面的“天”字读作“阿麻（AMA）”，下同。没有特别注记的地方，例如“天地初发之时”的发音即不确定。一说读作“天地はじめてひらけしとき”，也有读作“天地はじめておこりしとき”的。到底如何发音，众说纷纭，尚不明确。
而《日本书纪》以汉文（中文）表记，一般认为是由精通中文者、使用日式中文者等数人执笔写就。开头部分如下：
古天地未剖,阴阳不分,混沌如鸡子,溟涬而含牙。及其清阳者,薄靡而为天;重浊者,淹滞而为地,精妙之合抟易,重浊之凝竭难。故天先成而地后定,然后神圣生其中焉。故曰:开辟之初,洲壤浮漂,譬犹游鱼之浮水上也。于时，天地之中生一物,状如苇芽,便化为神,号国常立尊。（至贵曰尊,自余曰命,并训美举等也。下皆效此。）次国狭槌尊。次丰斟渟尊,凡三神矣。乾道独化,所以成此纯男。一书曰：天地初判，一物在于虚中。
状貌难言。其中自有化生之神。号国常立尊，亦曰国底立尊，次国狭槌尊。…… （岩波文库《日本书纪》一）
宇宙的开辟以阴阳论描绘，可见受到中国思维的直接影响。这一点《古事记》的序言也与《日本书纪》一样。不过《古事记》中开天辟地的神灵各不相同。此外，《古事记》中以故事形式记载的大国主神，在《日本书纪》中被简单记载为：为苍生施以“恩赖”（一书第六）。如上所述，《日本书纪》中神话传说的部分是以连贯的文章写就，而将其他说法以“一书曰”这样别传的形式呈现。由此可见进行编辑工作时对各种传说、古代记录的考量以及编者的意图。其中有与《古事记》一致的地方，也有不一致之处。
《古事记》重视发语、发声，而《日本书纪》致力于书面化的语言。这种差异也影响着对这两本书的理解方式。据《紫式部日记》记载，紫式部因其汉文修养高被称为“日本纪的御局⑦”。《日本书纪》诞生后不久就成为官僚的教育、学习对象。与此相对，除去一部分神道家，《古事记》几乎已被人忘却。《古事记》确实存在过，然而并未被广泛阅读。直至江户初期才得以首次发行（宽永二十一年，即1644年），此后在解读、公开《古事记》方面，本居宣长功不可没。（《古事记传》1764—1798年完成）随着他的解读，我们可以在这部作品中看到日本人的本质，即受佛教、儒教影响之前的日本人的生活方式及社会形态。借用《古事记传》中带有序文性质的《直毗灵》中的话，可以说古代的日本，并不宣扬教（道），人们皆供奉着祖神与天皇，各司其职，安稳地生活着。
本居宣长认为《日本书纪》受“汉义”影响，因此低《古事记》一等。其理由之一是书名中“日本”这一称呼本身也来自外界（中国），《日本书纪》的汉文体书写方式也是一个问题。（然而本居宣长的《古事记传》很大程度上是以《日本书纪》为参考，为《古事记》所作的注解）《古事记》以变体汉文写成，保留了日语拥有文字之前的语言的古老形态。这与如何理解这两本书中关于生死、性、冥界、人生以及自然、统治者与民众的关系等问题息息相关。本居宣长于《古事记》看到了日本人大致的生活形态，即便我们不能轻易认可这一点，但不可否认，在自我意识的诞生这一意义上，这两部风格迥异的著作，对后世的思想史有着极大的影响。（神野志隆光《何为古事记》等）
“记纪”中对神的信仰有时被称为“古神道”。天台、真言的神道论以及吉田神道、儒教神道等都是对神道的理论化所作的尝试。这些尝试大多源于《日本书纪》。本居宣长十分看重《古事记》，他死后，自称其弟子的平田笃胤不断地追寻《古事记》与《日本书纪》的原型，最终自创了“开辟论”。幕末至明治初期极具影响力的国学家都面临着如何全面、客观地看待这两本书中神话解释的问题。例如大国隆正认为，一方面与基督教相比，《古事记》与《日本书纪》如日月光辉，是无与伦比的；但同时认为以“记纪”为本源的当时“日本的四流神道”力所不逮。由此可见，神典绝对性的建立变得不再容易。继而成形的国家神道，其实并非延续了幕末国学的纷乱与问题意识，而是将《日本书纪》中的神话世界进行了近代化改编的产物。
围绕近世神话产生的各种思想上的研究尝试与成果，虽形式有所改变，却为明治以后的思想研究、神话研究所继承。因战前对国家神道的批判，战后一段时间内，神话的研究是为人忌讳的。因此需要以新的角度来看待神话。比较一神教的文明与多神教的文明时，从哲学角度对神话传说进行考察，对今后将大有裨益。
①天武天皇，673—686年在位。
②元明天皇，707—715年在位。
③天平文化，指圣武天皇（724—749年在位）迁都至奈良平城京后，直到8世纪中叶为止兴盛的贵族、佛教文化。
④大化改新，645年日本进行一连串社会改革，主要内容是废除当时豪族专政的制度，并效法中国唐朝体制成立中央集权国家，影响深远。
⑤室町时代，1336—1573年。
⑥迦微，即神。
⑦御局，古时对女官的敬称。