更新时间：2025-06-03 14:06:32
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内容提要
前言
第1章 绪论
1.1 生物计算的产生
1.2 计算机的一般定义与计算模型
1.3 生物计算的研究意义与进展
参考文献
第2章 图与计算复杂性
2.1 图论基础
2.1.1 图的定义与类型
2.1.2 图的度序列
2.1.3 图的运算
2.1.4 图的同构
2.1.5 图的矩阵
2.1.6 图着色
2.2 图灵机
2.2.1 图灵机的起源
2.2.2 图灵机的原理、类型及图灵等价性
2.3 可计算性
2.4 计算复杂性
2.4.1 P问题与NP问题
2.4.2 coNP问题
第3章 生物计算数据：DNA、RNA与蛋白质
3.1 DNA分子
3.1.1 脱氧核苷酸
3.1.2 DNA分子结构
3.1.3 DNA分子类型
3.1.4 DNA分子特性
3.1.5 DNA生化反应
3.2 RNA分子
3.2.1 RNA分子的核苷酸
3.2.2 RNA分子的结构
3.2.3 RNA分子的类型
3.3 蛋白质分子
3.3.1 蛋白质的结构
3.3.2 蛋白质的类型
3.3.3 蛋白质计算输出检测技术
第4章 生物计算算子：酶与生化操作
4.1 生物计算常用工具酶
4.1.1 限制性内切核酸酶
4.1.2 DNA聚合酶
4.1.3 DNA连接酶
4.1.4 DNA修饰酶
4.1.5 核酸酶
4.2 生物计算的生化操作
4.2.1 DNA分子的合成
4.2.2 DNA分子的切割、连接及粘贴
4.2.3 DNA重组技术
4.2.4 变性与杂交
4.2.5 DNA分子的扩增
4.2.6 DNA分子的分离与提取
4.2.7 DNA分子的检测与读取
4.2.8 可用于生物计算的经典生化操作技术
4.2.9 可用于生物计算的新型生化操作技术
4.2.10 生物计算涉及的新型仪器
4.3 生物计算的关键技术：电泳
4.3.1 基本原理
4.3.2 凝胶电泳
4.3.3 免疫电泳
4.3.4 毛细管电泳
4.3.5 介电电泳
4.3.6 等速电泳
4.4 生物计算的关键技术：聚合酶链反应
4.4.1 PCR发明之旅
4.4.2 基本原理
第5章 DNA编码理论与算法
5.1 DNA编码的背景与发展
5.2 DNA编码问题
5.2.1 DNA编码的常见约束
5.2.2 编码问题及其数学模型
5.2.3 当前DNA编码算法分类
5.3 基于GC含量的DNA编码计数理论
5.3.1 DNA编码计数理论
5.3.2 GC含量相等的DNA编码设计
5.4 模板编码理论与算法
5.4.1 模板编码理论
5.4.2 模板编码的搜索算法
5.4.3 编码的热力学稳定性
5.4.4 模板集的优化
5.5 进化多目标优化DNA编码理论与算法
5.5.1 进化多目标优化DNA编码理论
5.5.2 基于进化多目标优化的DNA编码算法框架
5.6 隐枚举编码理论与算法
5.6.1 隐枚举编码理论
5.6.2 隐枚举算法的应用
第6章 枚举型DNA计算模型
6.1 有向哈密顿路径问题的DNA计算模型
6.2 可满足性问题的DNA计算模型
6.3 图的最大团与最大独立集问题的DNA计算模型
6.4 0-1规划问题的DNA计算模型
6.5 图顶点着色问题的DNA计算模型
第7章 非枚举型图顶点着色DNA计算模型
