生物计算
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2.1.1 图的定义与类型

表示非空集的所有-元子集构成的集族,。基于此,给出图的定义:设是一个非空集,,则把有序对称为一个,记作,并将称为顶点集称为边集中的元素称为顶点中的元素称为。对于给定图,有时也用分别表示的顶点集和边集。设,通常用来代替,并称顶点与顶点相邻,称顶点(或)与边(相互)关联。设表示图中所有与顶点相邻的顶点构成的集合,称为邻域集。如果图中的两条边与同一个顶点关联,则称它们相邻。设,如果中的任意两个顶点均不相邻,则称的一个独立集。类似地,设,若中的任意两条边均不相邻,则称匹配,或称的一个边独立集

注2.1 由于集合中元素不允许重复,因此中均无重复的元素,且为无序2元子集构成的集族。这就意味着:①中没有重复的边;②中的每条边中的两个关联顶点不同;③。满足上述3点的图又称简单无向图

中元素的数量均有限,则称有限图,否则称为无限图。本书提到的图皆为有限图。通常,称规模,并把具有个顶点、条边的图称为(n,m)-图

可在平面上用一个几何图形来表示:顶点用一个小圆点(称为点)表示,若顶点相邻,则在之间连接一条线。这种将画在平面上的方法称为图解。用图解表示图,能更直观、清晰地展示图的结构,有助于理解图的性质,这也是图论的魅力所在。

是一个阶简单图,。若,则称阶完全图,记作;图2.1(a)(b)所示为的两种不同的图解。完全图的特征是:每对顶点均相邻。与完全图恰恰相反的是:若中每对顶点均不相邻,即,则称阶空图,又称阶零图,记作,在不考虑顶点数时,通常称为空图零图

若满足,则称长路,记作,图2.1(c)所示为的一种图解;若,则称-圈,记作。图2.1(d)所示为的一种图解。

   (a)                     (b)                     (c)                     (d)

图2.1 的图解

(a)的第一种图解 (b)的第二种图解 (c)的一种图解 (d)的一种图解

注2.2 对于一个图的图解,我们不关心顶点和边的几何特征,即顶点的大小、形状、空心还是实心,以及边的长短、粗细、曲直等。

例2.1 设是简单图,其中,则此图为著名的彼得松图(Peterson Graph),如图2.2(a)所示。图2.2(b)(c)所示为该图的两种图解。

若对中每个顶点标名称,则称标定图,否则称为非标定图。图2.2(a)所示为标定图,图2.2(b)(c)所示均为非标定图。

     (a)                           (b)                           (c)

图2.2 彼得松图及图解

(a)彼得松图 (b)彼得松图的图解之一 (c)彼得松图的图解之二

在简单图的定义中,边集中的元素是互不相同的,即边互不相同。如果去掉这个限制,即允许有相同元素,会导致图G中一对顶点之间可能有i>1)条边,称为-重边。具有重边的图称为重图。更详细的论述如下。

扩展成一个允许含重复元素[2]的新集族,记作。有序对称为一个重图,记作,其中;重复出现的元素称为重边


[2]中的元素在中出现任意次。

例2.2 设,其中,则是重图。图2.3(a)所示为它的一种图解。

重图基础图是一个基于的简单图,记作:顶点集,且中任意一对顶点相邻当且仅当该对顶点在中至少有一条边相连。重图的基础图,其中,如图2.3(b)所示;图2.3(c)所示为它的一个图解。

     (a)                            (b)                            (c)

图 2.3 重图的一种图解,基础图及它的边赋权图

(a)重图的一种图解 (b)的基础图 (c)的边赋权图

在简单图与重图的定义中,任意边所关联的两个顶点不同,即。如果去掉这个限制,即一条边所关联的两个顶点相同,则这种边称为图的自环,且含有自环的图称为伪图。确切地讲,在简单图或重图中,可将(或)扩展为允许含中一个或多个元素[3]的新集族(记作),这时有序对称为一个伪图,记作。其中,,元素称为自环


[3]中的元素在中出现任意次。

例2.3 图是一个伪图,其中。在中,均为自环,如图2.4所示。

图2.4 一个含自环的图

注2.3 在重图中,边集必含重边;在伪图中,边集EO必含自环。

在重图中,如果把关联同一对顶点的边的数量标于该边在基础图中对应的边上,则相当于给边赋权值。例如,对于图2.3(a)所示的重图,按边的重数定义各边的赋权w分别为,则边赋权图如图2.3(c)所示。更一般地,边赋权图G可表示为一个三元有序组,其中(V, E)是一个简单图。令,则赋权向量)为边权值。按此定义,在图2.3(c)所示的边赋权图中,

边赋权图的应用场景较多,如交通网络和生物神经网络。在交通网络中,顶点表示城市,边表示两个城市之间的公路、铁路、飞行航线或航海线等,边的权值则表示两个城市之间的距离(包括公路距离、铁路距离、飞行距离和航海距离等)。在生物神经网络中,顶点表示生物体(如人)的神经元,边表示两个神经元之间的突触,边的权值表示对应突触的厚度。人脑约有个神经元,以及个突触,但关于突触厚度的研究相对较少,这方面的深入研究对脑科学的研究至关重要。

与边赋权图相似,下面给出点赋权图的定义:一个三元有序组称为一个点赋权图,其中为简单图,顶点赋权向量)是顶点的权值。图2.5所示为一个点赋权图,其中。注意,该例中,中每个顶点的权值属于,且每条边的两端权值不同。因此,这种点赋权可视为对该图的顶点着色,其中权值代表颜色,颜色集为

点赋权图的应用场景也较多,如用于解决交通信号灯设计问题、调度问题和航线规划问题等[2]

图2.5 一个点赋权图

对一个简单图的顶点与边同时赋权的图,称为混合型赋权图(通常将它简称为赋权图),它具有更丰富的应用场景。混合型赋权图是一个四元组,其中为简单图,分别为定义在上的赋权向量,与边赋权图中的、点赋权图中的相同,这里不赘述。

综上所述,无向图可分为简单图、重图、伪图、赋权图。赋权图可进一步分为边赋权图、点赋权图及混合型赋权图。

注2.4 若无特别声明,本书提及的图皆为有限简单无向图。

在图的定义中,把中的无序改成有序,便得到有向图的概念。

表示中所有有序对之集,并把从的有序对记作,简记为)。如。基于,可类似地定义有向图如下。

是非空集,,则有序对为一个简单有向图,记作,并称顶点集弧集,即中的元素为顶点中的元素为。设,则为从连接到的弧,。在有些情况下,可称关联邻接于控制等。

形如的一对弧为对称弧。设是一个有向图,它的记作,定义为。有向图基础图记作,是指用无向图的边来代替中的每一条弧而得到的图。图2.6所示为有向图、它的逆,以及它的基础图

(a)                         (b)                         (c)

图2.6 有向图D、它的逆,以及它的基础图

(a) (b) (c)

完全对称图是每对顶点之间恰有一对对称弧连接的有向图,图2.7(a)所示为一个5阶完全对称有向图。竞赛图是一类具有较多应用场景的有向图,它的每对顶点之间恰有一条弧。换言之,竞赛图就是基础图为完全图的有向图。图2.7(b)所示为一个5阶竞赛图。

上述有向图均为简单有向图。与无向图的分类相似,有向图也可分为4类:简单有向图、多重有向图、伪有向图及赋权有向图。其中,赋权有向图可进一步分为弧赋权有向图、点赋权有向图和混合型赋权有向图。

本书主要考虑无向图,故本小节仅简要介绍有向图的基本概念与分类,更系统的有向图理论可查阅文献[2]。无向图的详细定义、记号及基本理论可查阅文献[3-4]。

(a)                                        (b)

图2.7 5阶完全对称有向图及5阶竞赛图