2 师君三尊
第一次佛苯之争
不幸的是，赤德祖赞英年早逝，实权落到了信奉苯教的玛香·仲巴结等人手中。大约在730～741年发生的一次瘟疫中，金城公主受害。大臣们借口这两件事是佛教僧侣触怒鬼神而导致的，赶走了僧侣。因此，他们采取了一系列以苯灭佛的措施：（1）制定法典，作为反佛崇苯的纲领；（2）遣返僧侣；（3）下令把小昭寺的佛像送回汉地，但没有成功，后来埋藏于沙沟中；（4）禁止荐亡仪式；（5）毁坏赤德祖赞供奉经书的5处佛堂；（6）大昭寺改作屠宰作坊。
这些做法引起了赤松德赞的愤慨。他希望像父祖一样以佛法治世，于是向桑希请教。桑希按照取经途中所遇高僧的指导，让他先读了《十善经》，生起了信仰；接着诵读了《金刚经》，确立了正见；第三步读《稻秆经》，了解了修法，笃信不疑。
大臣拔·赛囊的女儿去世，他暗中请汉族和尚作了超度、指导自己修学佛法。为了赴印度、尼泊尔取经，他请求赤松德赞任命自己为芒域的卡伦。他借此冲破约束，朝拜了那烂陀等寺，并把寂护大师迎请到芒域，建立了两座寺院。寂护本是萨霍尔（今孟加拉国）的王子，出家后创立了中观瑜伽行派，是那个时代印度佛学的高峰。他声称前世和赤松德赞、拔·赛囊有约，今生要在吐蕃弘扬佛法。后来与莲花生、赤松德赞一起受尊为藏传佛教的“师君三尊”。但是，弘法的机缘还没有到来，桑希翻译经典等事也被玛香破坏。赤松德赞只好耐心等待时机。
崇佛派收买了信使、卦师、相士等，扬言赞普身体将遭不测，危及政权，必须由位高权重的两位舅舅进入墓穴祈祷。崇佛的桂氏·尼桑雅普拉挺身而出，用激将法诱使玛香·仲巴结选址、设计并修建好墓穴，然后二人一起进入。桂氏趁其不备，迅速逃出，另一位崇佛大臣玛德古囊恭派人用巨石堵住出口，引水将玛香淹死在墓穴中。此后，象雄王发起的兵变也被镇压。这样，政权与佛教的联盟得到了巩固。
第二次佛苯之争
赤松德赞和群臣商议，着手弘扬佛法。从汉地请来的佛像得到了供养，又向汉地、尼泊尔、印度等地迎请高僧。其中最著名的是拔·赛囊请来的寂护。他向赞普讲解了“十善”“十二缘起”“十八界”等，但是由于当时发生的三件事——雷击布达拉宫，水淹旁唐宫，瘟疫和灾荒被苯教徒用来攻击寂护，他只好回到尼泊尔。他临走时建议：迎请莲花生。
寂护的离开并没有让赞普动摇，他命令拔·赛囊等人组成一个30人的使团，赴汉地取回了大量经典，皇帝还应他们的请求，派来了一位高僧传教，以后还形成定例，每年更换僧人。
这件事鼓舞了赞普，他命令拔·赛囊去迎请寂护和莲花生。莲花生大师出生于邬金（今巴基斯坦斯瓦特河谷一带），一说系印度金刚乘始祖邬金国王之子。他厌弃王位，赴孟加拉从巴尔巴哈帝论师出家，后来通晓五明，精究密乘事、行、瑜伽三部和无上部法，从八大持明受八部密法，从佛密论师受《幻化网秘密藏续》，又从文殊友和汉僧吉祥狮子学“大圆满”，还曾到五台山学习天文历数。
莲花生大师入藏和离藏的时间，近代学者说法不一。他一路将苯教的念青唐古拉山神、十二地母等神灵及仪式等纳入佛教的谱系，成为佛教的护法，对苯教势力作了有力的回应。他的到来，使赞普对密法有了深刻的了解，并在接受灌顶时供养了王妃益西措杰。他创建了显乘经院及密乘道场，发展出家、在家两种僧团等，奠定了西藏旧派密乘的基础。
莲花生的巨大威望引起了群臣恐慌，他们决定驱逐他，赞普也无可奈何。苯教徒进一步要求禁止佛法、推行苯教。但这个时期，寂护已经非常自信，他和汉地和尚等一起，要求以辩论定输赢，消除一国之中有两种宗教的弊端。辩论的结果是苯教方失败。赞普颁布规定：（1）禁行苯教；（2）不得杀生祭祀；（3）除了蔡米和象雄两地外，不准再行苯教禳灾法事；（4）苯教经书，投入河内，或埋于塔下；（5）倡行佛法，兴建寺庙。苯教权臣恩兰·扎达鲁公也被鞭打、流放北方。苯教虽然遭受了打击，但是并没有毁灭。它的祈福、禳灾、送祟、焚尸、烟供、焚魔等仪轨被佛教保留、吸收，苯教也开始大量吸纳佛教教义，创制经典，进入新的发展阶段。
三宝齐备的桑耶寺
桑耶寺的建立，是吐蕃佛教发展史上的一个里程碑。它是由寂护精心选址、参照印度的欧丹达菩提寺设计的，建筑格局类似于一个密宗的坛城。由于融入了汉地、印度和吐蕃的风格，又称为“三样寺”。桑耶寺不同于此前所有寺庙的地方，在于它有吐蕃历史上最初的僧团。赤松德赞总结历史教训，认为佛法的兴盛应以僧团的成立为前提。因此，从印度请来说一切有部的12名比丘，由寂护担任堪布，度化7位吐蕃人出家。《汉藏史集》中说到了寂护给他们取的法名：拔·贝央——仁钦松（宝护）、拔·赛囊——益西旺波（慧王护）、巴廓·毗卢遮那——毗卢遮那（遍照护）、恩兰·嘉哇曲央——嘉哇曲央（如来护）、昆·鲁伊旺波——鲁伊旺波松（龙王护）、藏·勒珠——拉伊旺波松（天王护）、玛·仁钦却——宝王护。七觉士的成功出家，增强了赞普的信心，王妃、姨母、尚论等也纷纷出家，带动吐蕃一下子有了300多位僧人。
为保证出家为僧者的生活有所依靠，赤松德赞还令大论以下诸臣设誓盟约，奉行佛法、供养僧人。盟誓，作为一种重要的制度，运用于吐蕃的政治和军事等领域。这个盟誓规定了国家供养佛教的制度性义务。赤松德赞还颁布法令，对不敬三宝者施以刑罚。同时规定，僧官的地位高于君王；不给贵族特权，权力归于佛徒比丘。