第1部分 总论：经济演化的生态视角
代谢增长论在经济学上的贡献是把生态资源约束下的技术竞争造成的产业新陈代谢而非资本积累作为经济增长的动力，可以解决经济学中久未解决的基本问题。
第一，经济增长理论中并存的三种规模经济——规模报酬递增、规模报酬不变与规模报酬递减，在代谢增长论中只是产业生命周期中的三个不同阶段。
第二，宏观经济学和微观经济学的矛盾问题。微观经济学的一般均衡理论没有市场中期和长期的失衡机制，凯恩斯宏观经济学承认宏观经济周期和经济危机的存在，但是不理解非自愿失业和总需求不足的微观机制。代谢增长论发现技术新陈代谢的代价就是旧技术的产能过剩和新技术的潜能未能实现，提供了经济周期和宏观调控理论的中观（产业）基础。制度安排和金融工具只是用不同的方法分配技术代谢过程中创造和消散的财富，但不能避免技术新陈代谢产生的经济波动。
第三，新古典经济学和政治经济学的矛盾问题。斯密承认，财富是权势，经济、政治、军事和知识的权势都会影响不平等竞争和不平等分配的机制。新古典经济学只关注平等的对称交易，无视社会不平等的起源。我们发现市场竞争的核心是市场份额竞争，而非成本价格竞争，由此可以统一地解释马克思经济学、生态经济学、经济人类学和演化经济学对家庭、阶级、国家、组织起源和演化的研究，以及大国兴衰和文明演化的多元模式。
第四，代谢增长论在方法论上解决了计量经济学的噪声表象与周期表象的矛盾问题，可以用小波表象统一描写不同层次，包括微观、中观（金融和产业）、宏观、史观，不同时间尺度的经济波动和非稳态增长。新古典经济学的数理模型，例如计量经济学的噪声驱动模型和宏观经济学的理性预期模型，本质上是违背物理学定律的永动机模型。代谢经济学的发展可望实现经济学和物理学、生物学原理自洽的大统一理论。因为大至恒星，小到细胞，都是生命小波的此起彼伏。在非均衡的开放世界中，不存在一般均衡的乌托邦市场，只存在与时俱进的经济组织，人们的行为也必须适应生态变化和组织竞争的环境。
简而言之，我们可以用复杂科学系统的新方法，进一步认识马克思的历史唯物主义和毛泽东“农村包围城市”的非均衡战略，把邓小平“科学技术是第一生产力”的思想作为代谢经济学的理论基础。
经济学理论的发展植根于历史的经验和当代的观察，否则会犯理论脱离实际的错误。科学发展的历程可以分为“问题—观察—模型—检验”四个阶段。
我在20世纪六七十年代提出的第一个问题是，中国和西方发展的道路是否遵循同样的单线发展模式？这需要重新检验西欧与中国科学技术和经济社会发展的历史证据。
郭沫若提出的历史分期理论，把商代划为奴隶社会，把秦汉到清朝划为封建社会，把鸦片战争到1949年前划为半封建半殖民地社会。困难在于李约瑟问题：为什么科学和资本主义产生于西欧而非中国？启蒙运动家的传统回答，是指责中国封建社会的专制抑制了科学技术的发展。然而李约瑟发现17世纪前，中国的科学技术在许多方面领先于西欧。这就引发了毛泽东和斯大林在理解历史路径上的分歧：历史唯物主义意味着单线台阶式的历史模式，而毛泽东的“农村包围城市”意味着落后可以挑战先进的多线发展模式，似乎和生物演化模式更为接近。
普里戈金1972年提出的开放系统的演化热力学指出，只有封闭系统存在收敛的单向演化模式，而开放系统的热力学意味着多元竞争的演化模式。我的直觉认为，社会演化和生物演化一样，应当遵循多元演化模式，这就要从经验分析开始，重新检验启蒙运动认为西方科学先进、中国专制落后的历史发展观。
我提出的第二个问题是经济基础和上层建筑的相互关系：究竟是经济基础决定上层建筑，还是上层建筑可以影响经济基础？不同文明的文化制度差异的深层原因是什么？我通过对中西方科技史的比较研究，发现中国和西方思维方式有很大的不同。中国经验主义的思维方式来自中国的农业经验，而西方分析科学的思维方式则与西方的航海和商业城邦发展有很大的关系。显然，不同的生态地理和气候环境对不同文明的文化历史道路有很大的影响。我的这一观察与西方年鉴学派和美国提出文化唯物主义的人类学家不谋而合。
20世纪六七十年代关于对中西社会认识的争论让我注意到，中国的重农抑商政策主要源于国家安全的考虑，尤其是用屯田政策来阻挡游牧民族的入侵，和西方资本主义强调国际分工的趋势背道而驰。阶级斗争理论难以解释中西文明分岔的原因，因为中国历史上农民战争的频率和规模远大于西欧，但是近代中国的科技发展水平却落后于西欧。
我觉得有必要用归纳法重新收集科技史和经济史的案例，来发现经济社会和科技演化的一般规律，而不能简单套用苏联教科书的历史理论。
总论是代谢增长论的理论总结。只对经济学前沿理论和数理模型感兴趣的读者，可以只读第1部分总论（包括引言和2014年发表的“代谢增长论”的正文），目的是纲举目张，作为以后展开经济复杂性研究的导读。对经济学研究的方法论感兴趣的读者，可以依历史顺序，先从第2部分“历史的观察和启示”开始（这是笔者在1967—1980年间的历史研究和1981—2016年间分析当代问题的成果）；接着进入第3部分“演化动力学模型”（这是笔者在1981—2005年间的工作成果）；然后再读第4部分，用历史经验解读第3部分的理论模型；最后读者可以重回第1部分的总论，得出自己的结论，并学习国际会议上常用的跨学派对话方式，在已有的经济学流派竞争中，提出和发展新的理论。