软体动物的消化系统也是很完整的，口、口腔、食道、胃、肠、肛门以及一些附属的腺体。软体动物口的形态不一，一般位于头部的前端，口腔与口相连，大多数种类的口腔内长有腭片和齿舌。作为软体动物特有的一个器官，齿舌是一条排列着锉刀般的几丁质的细齿的膜带，可以前后活动。通过口腔背面一对唾液腺黏液的帮助，齿舌前后伸缩运动把刮取到的食物黏着在一起，形成旋转型食物索，经食道进入到胃。软体动物的胃通常前端呈半球状，其内壁有强有力的收缩肌。有的种类的胃壁一侧长有几丁质板，叫作胃楯，有的形成角质和石灰质的咀嚼板；相对的一侧形成纤毛沟，称为筛选区。软体动物胃的后半部分叫作晶杆囊，呈现为囊状，内有晶杆和纤毛沟。依靠胃酸的作用，进入到胃的食物索被除去黏性，食物颗粒分离，同时胃筛选区的纤毛对食物进行筛选，把细小的食物颗粒送到胃上端的消化腺中，进行消化和吸收；较大的食物颗粒则留在胃内被消化；没有被消化的食物会由胃进入肠道，肠道会进行最后部分的消化，最终形成粪便。

软体动物的肛门一般在外套膜出水孔的位置附近，有的在身体的前端，有的在身体的后端，有的位于外套膜的内漏斗；粪便最终随着水流排出体外。