Barrett食管的治疗原则是控制症状，预防和治疗并发症。Barrett食管的并发症包括异型增生和癌变。Barrett食管的症状治疗与无Barrett食管的胃食管反流病患者相同，主要是使用抑酸剂控制反流症状。Barrett食管伴有重度异型增生或局限于黏膜层的早期癌变患者，可考虑内镜下治疗，亦可考虑外科手术治疗。

推荐对Barrett食管患者进行规律监测和随访，目的是早期发现异型增生和癌变。内镜检查间隔时间根据异型增生的程度确定：不伴有异型增生者每2年复查一次内镜，如2次检查后未检出异型增生和早期癌，可适当放宽检查间隔；伴有轻度异型增生者，第1年应每6个月内镜复查1次，若异型增生无进展，可放宽至每年复查1次。