美国食品药品管理局（FDA）在2010年发出警告，长期使用质子泵抑制剂可增加腕关节、髋关节及脊柱骨折的潜在风险，但这个观点在随后的荟萃分析未能得到证实。关于长期服用质子泵抑制剂是否会降低血钙浓度或导致骨质疏松尚无最终定论。目前认为，已知骨质疏松的患者仍可应用质子泵抑制剂，对髋关节骨折和骨质疏松的担忧不影响长期使用质子泵抑制剂的决定。