动物实验发现，合并幽门螺杆菌感染时长期使用质子泵抑制剂可能会增加萎缩性胃炎及癌变的风险。但是，目前人体研究显示无明确证据表明长期服用质子泵抑制剂会增加胃腺癌或结直肠癌等消化道肿瘤的风险。有临床研究发现，长期服用质子泵抑制剂可能会增加胃息肉的发病率，但其发生率不高，并且未发现癌变倾向。