《隋书·经籍志》所记“黄帝甲乙经十卷”条下未注明作者，《旧唐书·经籍志》则注曰“皇甫谧撰”。而先于此，初唐时杨上善、杨玄操已明确指出《甲乙经》一书的编者为皇甫谧。关于《甲乙经》的成书年代，据传世本序文，当成于魏甘露年间（256~259年）。

宋林亿校本《甲乙经》自北宋刊行后，南宋、金、元均未见重刊，现存最早刊本为明万历吴勉学校刊《医学六经》本。此本于万历二十九年（1601）收入吴勉学校刊《医统正脉》丛书中，现存此书多系清代书坊重修本，断版缺字较多，并可见较多的补版。又有明代蓝格抄本，与“六经本”非出自同一底本，可校补前者脱误之处颇多，但此本非精抄本，前后体例不一，错乱、残缺之处也不少。《四库全书》本与余云岫所引之所谓“嘉靖本”相吻合，也有一定参考价值。故校勘《甲乙经》一书，当以“六经本”为底本，以“明抄本”作主校本，以“四库本”作参校本。至于所谓“抄正统本”者，问题很多，作伪充古之迹显然，不宜再作为校勘《甲乙经》的依据。

该书前六卷主要论述脏腑、阴阳、气血、经脉、腧穴、诊法、刺法刺禁等，相当于基础理论，可视为全书的总论，其中卷三“腧穴”辑自《明堂》，其他各篇多辑自《素问》、《灵枢》；后6卷则以病证为纲，论述各科诸疾的针灸治疗，可视为全书的各论部分。