该书共收载《明堂经》针灸腧穴349个，其中肘膝以下穴按十二经分类，而其余穴则分部按线排列，是一种分经与分部相结合的腧穴分类方法。唐代杨上善将《明堂经》所有349穴分别归于十二经和奇经八脉，宋代王惟一分别采用了《甲乙经》腧穴分类法和按经脉分类法，其中按经统穴法经元代滑伯仁的提倡，自明代始渐渐流行，然而《甲乙经》腧穴分类法一直沿用到清代，与按经分类法并行，而且在按经属穴法广为流行的现代，人们对于《甲乙经》腧穴分类法的优点反而认识得更加深刻。

从大量古今腧穴文献记载来看，腧穴主治与经脉相关的同一性仅仅表现在四肢肘膝以下的五输穴及络穴上，其他部位的腧穴多只是主治局部病症，并没有反映出其与相关的经脉、内脏间的联系。另一方面，如果同一经脉上的腧穴主治在很大程度上是统一的，那么腧穴归经的过程就非常简单，而事实上在《内经》中只是将四肢肘膝以下的五输穴归经，至《甲乙经》也只将四肢肘膝以下穴归经，这种状况一直持续到唐中叶，唐代虽然开始将《明堂经》349穴全部归经，但各家归经的情况各不相同，宋代官修针灸典籍《铜人腧穴针灸图经》则兼收了这两种归经方法。为什么这么长的时期内古人就一直不肯将四肢部以外的腧穴归经呢？恐怕与躯干部穴主治局部病症的特点密切相关，将这些穴统一归经后，并不能对针灸临床诊疗起指导作用。古人所谓“循经取穴”主要还是指循经取肘膝以下十二经穴，故这种腧穴归经没有体现出相应的临床指导意义。另一方面，《甲乙经》的腧穴分类法便于相邻部位腧穴的对比学习掌握和临床应用。这也是这种腧穴分类法广为流行的重要因素之一。

考察腧穴归经的历史不难发现，在宋以前只有《甲乙经》所传之“黄帝明堂”一家腧穴被不断地归经，其他诸家明堂文献所载之腧穴并没有被归入“经穴”之列。自宋代王惟一始，虽不断有别家腧穴被归经，但这一过程极其缓慢，自宋至今近一千年也只有12穴归经。这可能因为在诸家“明堂”中，只有“黄帝明堂”腧穴下记有“脉气所发”内容，这是后来各家进行腧穴归经的主要依据。

《甲乙经》是最早对于《素问》、《灵枢》、《明堂》进行分类研究的成果。一部类书的学术价值，主要体现在编者对于原文献的理解以及分类系统的合理性。由于《甲乙经》编者所处时代与三部经典成书年代不远，其对于经文的理解和处理对于后人的启迪与借鉴之处颇多。编者的学术思想主要体现在对于经文剪辑、分类、注解以及篇题的概括诸方面。

例如《内经》以及汉以前诸子书所载五脏配五窍有不同的记载，这种不同学说出现在不同的篇中并不要紧，而像《甲乙经》这样的类书，相同问题的不同学说皆类集于同一篇，如不作说明，读者就难以理解。对于舌与五脏的关系，皇甫谧作了如下解释：

夫心者火也，肾者水也，水火既济。心气通于舌，舌非窍者，其通于窍者，寄在于耳。

然则肾气上通于耳，下通于阴也（《针灸甲乙经》卷一第四）。

以往《甲乙经》中的这类文字被当作所谓后人所添加的“大字注文”，经考证实为《甲乙经》编者的原始注文。这类注文在《甲乙经》虽不多，但表现了编者的鲜明学术观点，是研究皇甫谧学术思想的重要素材。

又如对于《素问》所载之三阴三阳厥内容，后世医家多理解为厥病。可是，皇甫谧编《甲乙经》时，将此段原文编入脉诊篇，说明编者将经文的“脉厥”理解脉诊的论述。那么，这种理解是否符合经文原意呢？《太素·经脉厥》载第二种十二脉厥原文均明确指明具体“脉”字，例如“足厥阴脉厥，挛腰虚满，前闭……”《诸病源候论》则讲得更加明确，该书卷十六曰：

诊其脉，太阳（阴）脉厥逆，骭急挛，心痛引于腹。

太阴厥逆，骭急挛，心痛引腹，治主病者（《素问·厥论》）。

《诸病源候论》将《素问》“太阴厥逆”直接写作“诊其脉，太阴脉厥逆”，明明白白地告诉我们，《素问》的三阴三阳之厥是脉候。由此可见，皇甫谧的理解更符合经文本意。

此外，《甲乙经》某些篇名对于理解经文也很有帮助。例如：

手阳明少阳厥逆发喉痹嗌肿（《素问·厥论》）。

手足阳明少阳脉动发喉痹咽痛（《甲乙经》卷十二第八篇名）。

这里，直接将经文的“厥逆”翻译成“脉动”，与其对《素问》脉厥的理解前后一贯。此外，《素问·阳明脉解》注解足阳明脉“是动”病时也曰：“阳明厥则喘而惋，惋则恶人。”而且，《素问·厥论》所载六脉厥病症多见于“是动”病。这些足以说明“脉动”、“脉厥”所言均为脉诊病候。

再如，对于《灵枢·经脉》经文的“是动则病”，历代医家的理解分歧很大，皆未得其旨。而皇甫谧对此问题的理解也鲜明地反映在篇名中：

足太阳阳明手少阳脉动发目病（卷十二第四篇名）

手太阳少阳脉动发耳病（卷十二第五篇名）

手足阳明脉动发口齿病（卷十二第六篇名）

以上篇名中都明确指出了“脉动”二字。而王冰也直接将《灵枢·经脉》经脉病候中“是动”翻译成“脉动”二字。例如其注《素问·诊要经终》曰：“《灵枢经》曰：足太阴之脉动，则病食则呕，腹胀善噫也。”至此“是动则病”的原意昭然若揭：是者，此也；动者，变动也，即异常搏动；“病”字用作动词，意即患病。

《素问》、《灵枢》虽然对于针灸治疗原则有总体论述，但多不系统，特别是缺乏具体的辨症选穴治疗。《黄帝明堂经》虽然载有349穴的主治病症，但缺乏对于相关病症的病因、病机、治疗原则的总体论述，不便于临床应用。而皇甫谧合三部为一书，以病症为纲重新编排，使各病之下有论、有法、有方，特别是三者呼应，示人以规矩，十分便于临床应用。例如卷九“肾小肠受病发腹胀腰痛引背少腹控睾第八”，在类辑《灵枢》、《素问》5篇有关腰痛的不同脏腑、经脉所致腰痛的症状特点、病因病机以及治疗原则之后，具体辑录了《明堂》治疗腰痛的腧穴条文。难能可贵的是，皇甫谧在从《明堂》辑录相关主治条文时，保留了具有辨症特征的典型症状，与前引之《灵枢》、《素问》之总论形成有机的整体，展示出较为清晰的符合针灸临床特征的辨症施治框架。同样是腰痛，根据其表现出的不同的经脉病候特点和病位特点选取不同经脉或不同部位的腧穴，从而将《内经》中的治疗原则大法落到了实处：

腰痛上寒，实则脊急强，长强主之。

……

肾腰痛不可俯仰，阴陵泉主之。

腰痛少腹满，小便不利如癃状，羸瘦，意恐惧，气不足，腹中悒悒，太冲主之。

腰痛，少腹痛，阴包主之。

腰痛大便难，涌泉主之。（《千金》云腰脊相引如解。）

实则闭癃，凄凄腰脊痛，宛转，目循循然，嗜卧，口中热，虚则腰痛，寒厥，烦心闷，大钟主之。

腰痛引脊内廉，复溜主之，春无见血，若太多，虚不可复。（是前足少阴痛也。）

腰痛不能举足，少坐若下车踬地，胫中 然，申脉主之。

腰痛如小锤居其中，怫然肿痛，不可以咳，咳则筋缩急，诸节痛，上下无常，寒热，阳辅主之。

腰痛不可举足，跟中踝后痛，脚痿，仆参主之。

腰痛夹脊至头几几然，目 ，委中主之。（是前刺足太阳郄中出血者。）

腰痛得俯不得仰，仰则恐仆，得之举重，恶血归之，殷门主之。（是前衡络之脉腰痛者。）

腰脊痛尻臀股阴寒大痛，虚则血动，实则并热痛，痔痛，尻 中肿，大便直出，扶承主之。

再如卷七“太阳中风感于寒湿发痉第四”，在辑录《灵枢》、《金匮要略》有关痉病的论述之后，类集《明堂》有关主治痉病的条文：

痉，取囟会、百会及天柱、膈俞、上关、光明主之。痉，目不眴，刺脑户。

痉，脊强反折，瘛疭，癫疾，头重，五处主之。痉互引，善惊，天冲主之。

痉反折，心痛，形气短，尻 涩，小便黄闭，长强主之。

脊强互引反折，汗不出，腰俞主之。

痉，脊强互引，恶风时振栗，喉痹，大气满喘，胸中郁郁，身热，目 ，项强，寒热，僵仆，不能久立，烦满里急，身不安席，大杼主之。

痉，筋痛急互引，肝俞主之。

热痉，脾俞及肾俞主之。

热痉互引，汗不出，反折，尻臀内痛似瘅疟状，膀胱俞主之。

痉，反折互引，腹胀腋挛，背中怏怏引胁痛，内引心，中膂俞主之。又刺阳明。从项而数背椎，夹脊膂而痛，按之应手者，刺之尺泽，三痏立已。

……

这些条文中有关痉病的典型症状与所引《灵枢》、《金匮要略》之文相合，而且同样是痉病，根据其表现出不同部位或经脉的发病特点选取不同的穴，从而给临床辨症取穴做出了示范。这是《甲乙经》指导临床的突出体现。