《甲乙经》是所有中医经典中传世版本问题最多的，因此学习该书一定选择权威可靠的校勘本。经考察，唐代《外台秘要·明堂》辑录自《甲乙经》“明堂”条文，而《外台秘要》现存有宋版，错误较少，因此对于《甲乙经》这部分内容，应注意参照《外台秘要》相关条文。

《甲乙经》在编排上有一些特殊的体例，如果不了解这些体例，则无法正确理解与利用该书。《甲乙经》卷首自序后载有“序例”一篇，全文如下：

诸问，黄帝及雷公皆曰“问”；其对也，黄帝曰答，岐伯之徒皆曰“对”。上章问及对，已有名字者，则下章但言“问”、言“对”，亦不更说名字也；若人异则重复更名字，此则其例也。诸言“主之”者，可灸可刺；其言“刺之”者，不可灸；言“灸之”者，不可刺，亦其例也。

经考察，该“序例”系原书旧有，非林亿新增。宋以前医书所引《甲乙经》之文体例多与此“序例”相吻合；宋本《甲乙经》仍与“序例”基本相符，而传世本颇与此“序例”不同者，系后人，特别是宋以后人所删改。

根据“序例”，可容易地辨识出其他医书中所引《甲乙经》之文，例如《千金要方》一书中载录了大量《甲乙经》之文，既有原书编者孙思邈直接引录者，也有孙氏间接引自别书者，更有大量宋人校正时所增补者，这些引文大多未注明出处，若不借助“序例”，则不易识别。

此“序例”更重要的作用是可用来校勘现行本《甲乙经》中的错误。由于《甲乙经》一书宋代以后主要靠抄写流传，后人在传抄时因不明“序例”，多将卷七至卷十二所载禁刺、禁灸穴主治条文形式改成与一般腧穴主治条文完全相同的形式，例如“丝竹空”系禁灸穴，其主治条文形式当作“……刺丝竹空”，而“六经本”现存三条、“明抄本”所载四条“丝竹空”主治条文均被改成“……刺丝竹空主之”。这类错误均可据“序例”加以识别并予以改正，此不一一举例。

关于《甲乙经》一书的其他编集体例，原书序文中虽曾提及，但未作具体说明；还有一些重要的编集体例，“序例”及原序中均未言及，而这些原书中未加说明的体例对于阅读、研究《甲乙经》具有更为重要的价值，其中与一般读者关系最密切的是腧穴证治条文排列序例：

《甲乙经》卷七至卷十二所载腧穴主治条文均集自《明堂经》，而各篇的腧穴主治条文的排列并非杂乱无章，如果将卷七至卷十二任一篇（无《明堂》之文者除外）所有腧穴主治条文中的腧穴依次排列，其顺序恰好与卷三的腧穴排列次序相同；如果某一病症后所主之穴为两穴以上者，其腧穴排列先后也与卷三同。例如卷七第一中篇所有病症主治条文后所主之穴依次排列如下：

神庭　曲差　本神　上星　承光　通天　玉枕　临泣　承灵　脑空　率谷　哑门　天柱　风池　大椎　陶道　神道　命门　大杼　风门　膈俞　上髎　魄户　神堂　 　膈俞　悬颅　魂门　颔厌　悬厘　阳白　攒竹　承浆　颅息　天牖　巨阙　上脘　阴都　少商　鱼际　太渊　列缺

以上42穴中只有“ ”之后的“膈俞”、“悬颅”两穴与卷三腧穴排列次序不符，而此“膈俞”穴与前文重，显然有误，《医学纲目》卷二十二引作“膈关”，与《外台》、《医心方》并同（此次整理已据此改为“膈关”）；而“悬颅主之”条，“明抄本”中作注文。因此本篇所有腧穴排列次序均与卷三完全相同。又如卷七第五云：“痎疟，取完骨及风池、大杼、心俞、上髎、 、阴都、太渊、三间、合谷、阳池、少泽、前谷、后溪、腕骨、阳谷、侠溪、至阴、通谷、京骨皆主之。”此条病症后所有腧穴的排列次序也与卷三完全相同。

了解《甲乙经》这一规律，对于阅读与校勘《甲乙经》具有极为重要的意义：

其一，可以轻易解决《甲乙经》中同名穴辨识这一千古难题。《甲乙经》中有五对同名异穴，即：（头）临泣——（足）临泣；（腹）通谷——（足）通谷；（头）窍阴——（足）窍阴；（手）三里——（足）三里；（手）五里——（足）五里。这五对同名穴在卷7~12共出现39次，如果不了解《甲乙经》腧穴排列序例，则对这39条中同名穴难以辨识。事实上，从初唐之后的历代针灸书中对于《甲乙经》同名穴辨识均出现了不少失误。例如《甲乙经》卷七第五云：“疟，日西发，临泣主之”，该条文之前后均是足部穴主之条文，可知此条中“临泣”显为足部穴，而非头部穴。而《千金要方》卷十却于此穴下注作“穴在目眦上入发际五分陷者”，将此穴误为头部穴。又如《甲乙经》卷十一第二云：“癫疾呕沫，神庭及兑端、承浆主之；其不呕沫……尺泽、阳溪、外丘、当上脘旁五分通谷、金门、承筋、合阳主之。”如果了解上述《甲乙经》腧穴排列序例，一眼便可看出此条中“通谷”系足部太阳经穴，而古人不察，误辨为腹部穴，遂于该穴前注以“当上脘旁五分”六字。《医学纲目》引宋本此条时此六字也作大字，则此注系宋以前人所注，误在宋以前也。可见，不了解《甲乙经》腧穴排列规律，便无法读懂原书，也就不能对其进行科学的校注。

其二，也是最重要的作用是，用于《甲乙经》一书的校勘。由于年代久远，《甲乙经》卷七至卷十二有不少字形相近的穴名被抄混了（如“小海”误作“少海”，“天溪”误作“太溪”，“箕门”误作“期门”，“中注”误作“中渚”等），或因脱简使两条腧穴主治文字混作一条，对于这类错误，特别是那些已见于《外台》所引早期传本的错误，如果不了解上述腧穴排列序例，是很难、甚至是不可能被发现而予以改正的。但只要了解此规律，便能很容易地发现这类错误，再结合他书资料则可纠正这些错误。

其三，可以发现错简。由于宋本并宋以前旧本《甲乙经》均不存，传世本《甲乙经》版本较差，且只有一种异本可供参照，对卷七至卷十二腧穴主治条文中大量错简现象，若不了解上述腧穴排列序例，则很难发现。