二、现行鼓励科技创新的税收政策存在的主要问题

（一）鼓励科技创新的税收优惠政策比较分散，不成体系

鼓励科技创新的税收优惠政策比较分散，涉及好几个税种，范围宽泛，内容高度概括不细致，有些政策可操作性差。另外，我国每年发布大量的财税通知和公告等文件（主要由国家税务总局和财政部发布），有些政策没有上升到法律高度，缺乏统一的管理，政策的对接不协调，使得税收政策支持科技创新的作用不能充分发挥。

（二）享受税收优惠政策限制条件较多、门槛高

我国科技创新税收优惠政策有很多，但创新型企业享受税收优惠要受到许多条件限制。技术先进型服务企业不仅有地域要求还有条件设定，技术转让所得要经省级以上科技部门或商务部认定才能享受税收优惠。目前，企业一律实行备案管理方式，即便如此，企业也很难自行判断适用何种税收优惠政策。因为高新技术企业要有十一项指标必须同时达标，如：研究开发费用要达到一定比例、科研人员也要符合标准、高新技术生产产品收入占比达到规定、高新技术企业必须拥有核心自主知识产权等要求，一般的企业很难同时达到这些要求，致使一些真正需要鼓励的高新技术企业很难享受到税收优惠政策。更让企业担心的是，如果对确认高新技术企业的条件理解不到位，不仅失去高新技术企业资格，而且还可能遭遇税务风险，致使一些企业不愿意或者不能享受税收优惠。

另外，大量的中小型创新企业处于发展的初始阶段，对于缺乏资金和技术优势的中小型创新企业，国家并未给予特别的税收优惠。

（三）企业享受税收优惠难度大，风险高

有些税收优惠政策犹如“水中花镜中月”，看起来很诱人，但企业要想真正享受，难度很大。按照《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》（2015年97号公告，简称97号公告）的规定，企业年度纳税申报时，根据研发支出辅助账汇总表填报研发项目可加计扣除研发费用情况归集表，在年度纳税申报时随申报表一并报送。同时，按照企业所得税优惠政策事项管理办法的要求，在年度汇算清缴纳税申报时，报送“企业所得税优惠事项备案表”。按照97号公告的要求，“研发支出”辅助账是可加计扣除研发费用归集的重要基础。企业根据日常所做的各明细科目“研发支出辅助账”，在年末汇总形成“研发支出辅助账汇总表”，再根据“研发支出辅助账汇总表”填报企业所得税汇算清缴年报中的“研发项目可加计扣除研发费用情况归集表”。从2017年相关报表的逻辑关系情况来看，归集表数据要求与辅助账汇总表数据一致，同时归集表数据要与“研发费用加计扣除税收优惠明细表”（2017年填报要求只需要填写合计数即可）数据一致，这就对企业提报的研发费加计扣除数据的一致性提出了非常高的要求。企业在日常登记辅助账的时候，就要按照《财政部、国家税务总局、科学技术部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》和97号公告的要求，按照研发费用加计扣除的口径进行填写，否则就会导致辅助账汇总表数据的不准确，从而直接影响研发费用税前加计扣除优惠政策的享受。从目前纳税人对政策的掌握情况看，要做到研发支出辅助账、归集表和税收优惠明细表各表数据一致，仅凭纳税人一己之力实在是难以做到。纳税人如果不借助中介机构的专业力量来帮助完成研发费加计扣除的审核和申报，要想完全享受加计扣除难度太高，许多企业又因为实际操作难度大，为避免涉税风险，而最终忍痛放弃享受税收优惠。

（四）税收优惠形式单一

我国目前税收优惠形式主要是直接优惠，通过降低税率和免税来激励企业科技创新。直接优惠作为一种事后激励方式，起步阶段的高新技术企业和中小企业由于前期投入大，缺乏盈利能力，并不能享受到这些优惠。间接优惠作为一种税前激励，可以提高纳税人的投资意愿，减少纳税人投资负担，但我国目前对税收抵免、加速折旧和加计扣除等间接税收优惠政策运用较少。

（五）缺少鼓励科技成果的转化的税收政策，科研人员享受的税收优惠少

我国在科技成果转化方面缺乏系统的税收优惠政策，尤其体现在科技成果转化创新产品制造后期和市场推广方面。我国已有的税收优惠政策中，企业所得税促进科技成果转化方面的税收优惠政策空缺；个人所得税中针对科研人员的优惠较少，只在国家给予的津贴和延长退休、离休高科技人才的工资等项目上才予以免税，对知识产权、著作权、特许权转让同样是按照20%的比例税率，超过4000元的减征20%，不足4000元定额的扣除800元，科研人员的工资相对其他人员也并没有税收优惠，不利于提高科研人员科技创新的积极性。