行在锦衣卫
永乐年间，锦衣卫的建制趋于完善。关键的时间点是永乐六年（1408年）十二月。正是在这个月，成祖命礼部铸造五军都督府、六部、都察院、大理寺、锦衣卫等机构的印信共计14枚，上刻“行在”二字。
换句话说，从永乐六年开始，明朝在北京和南京各有一套完整的政府机构，分辖一北一南两个锦衣卫。其中，北京锦衣卫又称“行在锦衣卫”，下设一南一北两个镇抚司。
专治诏狱的北镇抚司的设立，标志着锦衣卫的执法权力开始制度化。但这个时候的北镇抚司还不足以掣肘法司。明人沈德符的记录是，北司设立之初，凡遇大案，“一讯之后，即送法司定罪，（北司）不具审词。成化初，用参语覆奏，而刑官始掣肘矣”。直至成化中，北司有了自己的印信，其执法权才正式制度化。
永乐十九年（1421年）正月初一，成祖正式迁都北京。从这一日起，北京的政府机构不再称“行在”，刻有“行在”二字的印信早已送印绶监重新铸造；南京政府机构的印信也重造了，新印信上加刻“南京”二字。
因为即位的方式特殊，成祖的帝位起初并不稳固。用《明史》的话说，他知道自己名不正、言不顺，难令天下人心服，因而想通过威权政治让天下人惧怕他。用王世贞的话说，成祖以藩王的身份起兵靖难，夺取皇位之后，缺乏足够的自信，觉得天下人都有异心。无论如何，清除异己、维护皇权势在必行。
但成祖并非只借重锦衣卫“肃清吏治”。很多案例似乎遵循这样一种操作方式：御史或三法司先期检举，锦衣卫后期介入。至于御史手中的证据，可能直接来自耳目遍天下的皇帝，可能来自被检举者的政敌，当然也可能来自寻常百姓。在很多案例中，御史都是“肃清吏治”程序的启动者。例如，在清除曹国公李景隆、长兴侯耿炳文、驸马都尉梅殷等人的过程中，都察院左都御史陈瑛就与锦衣卫配合无间。
陈瑛原是山东按察使，建文元年调任为北平按察使。正三品按察使掌一省刑名按劾之事，即“纠官邪，戢奸暴，平狱讼，雪冤抑，以振扬风纪，而澄清其吏治”。燕王朱棣起事之前，他因“交通藩邸”逮谪广西。
朱棣登基仅过了一个月，就把陈瑛从广西召回京师，任命他为正三品都察院左副都御史。永乐元年（1403年）正月，又擢升其为正二品左都御史。
作为三法司之一的都察院，被称为“天子耳目风纪之司”，职专纠劾百司，“凡大臣奸邪，小人构党，作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者，劾”。凡大狱重囚，都察院与刑部、大理寺一同会审。在平时，御史们经常奉敕办事，巡抚地方。因此，在三法司中，都察院的权力最重。
根据《明通鉴》的记载，陈瑛“天性残忍，受上宠任”。毫无疑问，成祖就是要借重像陈瑛这样既懂刑律又仇视建文官僚班底的心腹来达到清除异己的目的。
陈瑛很快就进入了角色。这位新晋左都御史弹劾的第一位大人物，是曾经以参将的身份先后跟随耿炳文以及李景隆讨伐燕王，于建文二年（1400年）九月被封为历城侯的盛庸。因为一再被指控“口出怨诽，心怀异图”，永乐元年九月，盛庸的爵位被夺。值得注意的是，陈瑛的情报主要来自成祖的心腹、已经致仕的羽林卫千户王钦。紧随其后，曹国公李景隆以及长兴侯耿炳文也被他列入弹劾名单。
李景隆其人前文已略有提及。在成祖的心目中，此人“心术不正”,“寡谋而骄，色厉而馁”，是一个典型的“膏粱竖子”。作为开国功臣的耿炳文，早在洪武三年（1370年）即被封爵长兴侯。他的长子耿璇娶了建文帝的姐姐江都公主为妻，官至前军都督佥事；次子耿
官至后军都督佥事。作为建文帝旧臣，李景隆与耿炳文在朝中的根基都很深，深受成祖猜忌。
先是永乐二年（1404年）七月某日，刑部尚书郑赐等人弹劾李景隆“藏亡命蒋阿演等二十八人，有异谋”。次日，李景隆及其兄弟、都督李增枝又被弹劾图谋不轨。两个月后，吏部尚书蹇义等人又弹劾李景隆“招纳亡命，图不轨”。次日，锦衣卫指挥同知潘谞等人再劾“李景隆私阉人，僭金龙服器”。十月某日，左都御史陈瑛与刑部尚书郑赐又相继劾奏耿炳文不遵礼典。他们说，耿炳文穿的衣服、用的器皿都僭用龙凤图案，“远蹈‘胡蓝’之轨，近循李景隆之邪心”，请求成祖对他明正典刑。成祖批示：“旧臣也这样做吗？盼其速速改正！”不知是成祖失去了耐性，还是耿炳文执迷不悟，成祖很快就命人抄了耿炳文的家。耿炳文不久后上吊自杀。同年十二月，李景隆被削爵，软禁在家，家产也被没收。
永乐二年十一月，即弹劾耿炳文的第二个月，左都御史陈瑛又将矛头对准了驸马都尉梅殷，弹劾他蓄养亡命之徒，私藏胡女为奴，并与女巫刘氏私通。
驸马都尉的爵位比侯爵稍逊。根据明制，凡是驸马，无论娶的是大长公主、长公主，还是公主，都是驸马都尉，“皆不得预政事”。但是，驸马都尉“不得预政事”的原则性规定，被太祖本人打破了。洪武十九年（1386年），正是这位驸马都尉梅殷，被太祖派到山东提督学校兼理地方事务。梅殷之妻是太祖正妻马皇后的女儿宁国公主。
梅殷擅长弓马，为人恭谨，很有谋略，在太祖的16位驸马中，最受太祖的宠爱和信任，早在洪武十一年（1378年）就被授予荣国公的爵位。朱棣当时18岁，还没有就藩。《明会要》记载，太祖春秋高，见诸王强盛，密令梅殷辅佐皇太孙朱允炆。朱允炆对梅殷十分信任，燕王起事后，任命他为总兵官，镇守淮安。他悉心防御，号令严明。燕兵打败何福大军，俘虏平安等诸将后，曾遣使梅殷，希望借道。可是梅殷割掉了使者的耳鼻，放他回营，命他传话燕王要谨守“君臣大义”，燕王为之气沮。
显然，无论是出于报复的目的，还是为了巩固皇权，成祖都有理由除掉这位曾让他大失颜面、根基颇深的托孤大臣。
《明史》记载，永乐三年（1405年）十月初三，凌晨四鼓时分，梅殷照例上朝，经过笪桥时，前军都督佥事谭深以及锦衣卫指挥使赵曦突然出现，将他“挤”下了桥。结果梅殷溺水而死，以投水自尽报闻。宁国公主听闻梅殷死讯后，怀疑成祖是凶手，“牵（成祖）衣大哭，问驸马安在”。对这位小他四岁的妹妹，成祖似乎颇有怜惜之意，温言相劝后，表示会尽力搜寻凶手。“真相”很快就被查明。根据《明太宗实录》的记载，成祖怀疑梅殷死于盗杀而非投水自尽，下令逮捕盗贼。没过多久，时不出十月，都督许成将谭深、赵曦害死梅殷的事情报告了成祖。成祖震怒，命法司赶紧问罪。谭、赵二人皆被抄家。作为补偿，成祖给梅殷的两个儿子授了官职。
尽管成祖试图撇清自己，史家依然把这笔账算在他的头上。正如《国榷》的作者谈迁的评论：“驸马安所死哉？然堂堂圣明，出锄麑之下智，非所以树威于天下也。史虽讳之，其谁信焉？”
据王世贞考证，在锦衣卫与三法司等机构的配合下，左都御史陈瑛“灭建文朝忠臣数十族，亲属被戮者数万人”。