自体造血干细胞移植适用于骨髓尚未受疾病累及或经治疗已恢复正常的患者，因为化疗和某些疾病的放疗可以破坏或杀伤体内病变细胞，同时也破坏骨髓细胞。此时可以把患者在预处理前储存的骨髓造血干细胞重新回输到其体内，进而重建正常的造血和免疫功能，达到治疗疾病的目的。如果自身骨髓受到侵犯，那么被抽出的骨髓需要体外净化，以去除骨髓中残存的肿瘤细胞，不同的造血干细胞移植中心利用不同的方法来进行体外净化。