病毒核酸检测是目前COVID-19病原学诊断的主要方法，阳性是确诊依据。需在P2级实验室内进行，操作者需实行三级防护。

COVID-19是一种呼吸道传染病，故检测以呼吸道样本为首选，包括上呼吸道样本（鼻咽拭子和咽拭子，更推荐鼻咽拭子）和下呼吸道样本（痰液、气管吸出物及支气管肺泡灌洗液）。对于重症疑似病例，单个上呼吸道样本阴性不能排除诊断，建议增加下呼吸道样本（有条件如气管插管者应首选）或重复采集上呼吸道样本。

采集呼吸道样本时，需严格执行三级防护措施，严防上呼吸道标本的液滴污染和下呼吸道标本的气溶胶污染，并做好接触预防及空气预防措施。鼻咽采样时应注意拭子要达到鼻咽后壁，轻轻旋转后退出。鼻咽采样可能诱发喷嚏，口咽采样可诱发呕吐，肛拭子采样可诱发排便，增加环境污染和采样者暴露风险，应加强采样时的防护。

不同部位样本在疾病不同阶段的阳性率不同。疾病早期，采集合格的呼吸道样本阳性率较高。经笔者所在单位监测发现，儿童SARS-CoV-2感染病例的大便或肛拭样本在疾病恢复期的阳性率明显高于呼吸道样本。其他样本如血液及尿液等对儿童感染的诊断价值还有待评估。

常用荧光定量反转录PCR法，除用于临床检测外，还可评估病毒载量，后者与临床病情是否存在相关性值得探讨。还可采用测序法，可用于病毒溯源和追踪病毒传播链。

检测试剂正在逐步开发和审批中，目前应用于临床的有胶体金方法检测总抗体，以及特异性IgG和IgM检测试剂。特异性IgM在起病后3～5天开始出现阳性，如果观察到特异性IgM和特异性IgG双阳性，有确诊意义。取急性期（7天内）和恢复期（病后3～4周）双份血清，观察到特异性IgG阳转或滴度≥4倍升高急性期和恢复期双份血清或血浆检测病毒特异性IgG抗体，有回顾性确诊意义。鉴于SARS-CoV-2为新发病原，人群普遍缺乏特异性免疫力，在流行高峰期，尤其是疫源地，疑似病例单次检测特异性IgM或者IgG抗体阳性有辅助诊断价值，可重复检测或采集恢复期样本观察IgG抗体滴度变化加以确认。