周允娴强调针灸疗效建立在科学严谨的中医辨证和经络理论基础上。她常引用“业医不明经络，开口动手便错”的名言来说明经络学说对指导临床辨证，尤其是针灸临床诊疗的重要意义。《灵枢·经脉》所载“经脉者，所以能决死生，处百病，调虚实，不可不通”，高度总结了经脉之于人身的重要性。注重经络辨证是周允娴学术的一贯特色。她认为，学习针灸，经络理论是第一要务，针灸治病也应从经络辨证开始，唯有熟谙经络，深刻领悟经络、脏腑、腧穴之间的内在联系，才能在诊治疾病时正确地审证求因，处方施治，收获良效。

首先，必须掌握经脉循行及其脏腑连属关系；其次，掌握本经所主病候，区分脏腑病、外经病等；第三，注意与他经的同类或相似病候相鉴别；第四，辨清寒热虚实，如此方能做到“审其虚实而调之”；第五，根据经穴特性，分清主次（此主次指临床中若一经兼他经病候时，应分清病证之主次，恰当地取穴施治），循经取穴。前三个要点指导我们明确病位，后两条经验则指导我们如何审证取穴。针刺处方中包括局部穴、邻近穴、循经远端穴、针对病因穴、针对某一突出症状的对症取穴，临证选穴并施以恰当的手法，即可达到理想的效果。