针灸治病，辨病、辨证、辨经相得益彰。周允娴认为，中医治病始终遵循整体观念和辨证论治两个原则，而针灸不但要辨证论治，还要辨证与辨病相结合、辨病与辨经相结合。临床辨证是中医治病的先决条件，临床诊治重在疗效，而辨证是疗效的前提，只有细辨入深，抓住肯綮，才能取穴精当、功效突显。

证治分析从整体出发，才能妙悟其理。周允娴提倡中西医互参，主张辨证与辨病相结合，在西医诊断明确、中医辨证清晰的情况下施针治疗。例如，她曾诊治一慢性泄泻患者，初诊表现为脾虚湿盛，取中脘、天枢、气海、足三里、脾俞、章门、太白以健脾益气，阴陵泉以利湿，针后其症大减，而后又现肾虚之象，即灸关元、太溪以补肾温阳，天枢、公孙以健脾，渐臻痊愈。

辨证与辨病相结合，一方面可规范临床带教，另一方面有利于针灸国际交流。她常说：“治疗方面应按中医理论辨证选穴治疗，同时也不排除使用西医学思维、采取新治法。”她主张辨证与辨病相结合，亦主张辨病和辨经相结合，认为辨病与辨经相互贯通，才能达到针灸治病之效。临证内脏疾病，望、闻、问、切，通过脏腑辨证和疾病在经络上的证候反映，推断病为何病，病在何经。根据经络与疾病的生理病理关系，针刺某经某穴而治疗疾病。如周允娴治胃病（胃脘痛），常取胃之募穴中脘配胃经合穴足三里来治疗；治疗泄泻、痢疾等胃肠疾病，常取大肠之募穴天枢及大肠经原穴合谷、下合穴上巨虚，配胃经合穴足三里来治疗；治疗肝病（胁痛）或胆病（胆囊炎、胆石症）等，常取肝之募穴期门及肝俞，胆之募穴日月，三焦经经穴支沟、胆经合穴阳陵泉、肝经之输穴（原穴）太冲配伍治疗，疗效佳。