第四节 退税纠纷
011.生产企业逾期未申报出口退（免）税的如何处理？
——天津然也工艺品有限公司与天津市津南区国家税务局稽查局出口退税纠纷案[11]
裁判要旨
生产企业自营或委托出口货物未在报关出口90日内申报办理退（免）税手续的，征税部门应视同内销货物予以征税。如果其到期之日超过了当月的“免、抵、退”税申报期，税务机关可暂不按国税发〔2004〕64号文件第七条规定视同内销货物予以征税。但生产企业应当在次月“免、抵、退”税申报期内申报“免、抵、退”税，如仍未申报，税务机关应当视同内销货物予以征税。
基本案情
被告天津市津南区国家税务局稽查局于2014年12月26日至2015年5月26日对原告天津然也工艺品有限公司2012年1月1日至2015年4月30日的纳税情况进行了检查，发现原告（曾用名天津赫航国际贸易有限公司）2012年8月至被告作出行政处罚前，共出口38笔货物，均未到被告处办理过《代理出口货物证明》且未申报出口退税，除2014年8月3日出口10，671美元外，其他数据全部逾期未申报出口退税、未在规定期限内申报办理免税，按税法规定应视同内销货物征税。被告经调查核实，认定原告未如实申报销售收入，对原告作出了津南国税罚（2015）47号《税务行政处罚决定书》。
原告认为被告作出的行政处罚认定事实错误、处罚依据不足，遂提起行政诉讼，要求撤销津南国税罚（2015）47号《税务行政处罚决定书》；诉讼费由被告承担。
法院审理
原审法院认为，依据《中华人民共和国税收征收管理法》第五条第一款、第十四条以及《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第九条之规定，被告具有查处本辖区内偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件的主体资格和法定职权。本案中，原告对被告作出津南国税罚（2015）47号《税务行政处罚决定书》适用的法律、程序以及以原告作为被处罚的主体并无异议。原告认为被告所作行政处罚认定事实错误、处罚依据不足，被告所认定的未办理《代理出口货物证明》、逾期未申报退税、未在规定期限内申报办理免税的37笔出口业务并非原告所为，但对于上述主张原告未能提供充足的证据和依据予以证明，难以支持。被告提供的证据能够证明其所作出的津南国税罚（2015）47号《税务行政处罚决定书》证据确凿、适用法律正确、符合法定程序。原审法院判决驳回原告天津然也工艺品有限公司的诉讼请求。
上诉人天津然也工艺品有限公司不服原审法院判决提起上诉，请求撤销（2015）南行初字第37号行政判决；依法改判撤销被上诉人作出的津南国税罚（2015）47号《税务行政处罚决定书》；诉讼费用由被上诉人承担。理由是：被上诉人提供的证据不能证明上诉人存在违法事实，上诉人没有实施37笔出口业务，被诉税务处罚决定认定事实不清，原审判决认定事实错误。
被上诉人天津市津南区国家税务局稽查局辩称，其依据海关报关单及海关出口信息认定上诉人存在出口行为，但未在规定时间内申报，被上诉人作出的被诉税务处罚决定认定事实清楚、适用法律正确，原审判决认定事实清楚、适用法律正确，故请求驳回上诉人的上诉，维持原审判决。
二审法院认为，本案的争议焦点是上诉人是否存在逾期未申报退税的37笔出口业务的违法事实。被上诉人提供的海关报关单及纳税申报表等证据能够证明上诉人自2012年8月至今出口的37笔货物，逾期未申报出口退税，且未在规定期限内申报办理免税，其作出的被诉处罚决定认定事实清楚、证据充分。上诉人虽然予以否认但没有提供充分的证据和依据予以证明。被上诉人作出的被诉处罚决定认定事实清楚、适用法律正确、程序合法，原审判决驳回上诉人的诉讼请求并无不当，应予维持。
二审法院驳回上诉，维持原判。
点评
本案涉及生产企业逾期未申报出口退税的法律后果问题。为了鼓励本国企业出口，增强本国企业在国际贸易中的竞争力，我国规定了出口退税制度，即将出口商品在上一交易环节缴纳的增值税和消费税全部或大部分退还给出口企业，同时免征出口环节的增值税，让出口商品以低税负的状态参与国际贸易竞争。但是，出口退税必须严格按照税收主管部门的要求在规定的时间内进行申报，待税收主管部门审核通过后才能退税，如果不遵循相关的程序要求，不仅不能享受出口退税待遇，反而会加重税收负担。
《国家税务总局关于出口货物退（免）税管理有关问题的通知》（国税发[2004]64号）第三条第一款规定：“出口企业应在货物报关出口之日（以出口货物报关单〈出口退税专用〉上注明的出口日期为准，下同）起90日内，向退税部门申报办理出口货物退（免）税手续。逾期不申报的，除另有规定者和确有特殊原因经地市级以上税务机关批准者外，不再受理该笔出口货物的退（免）税申报。”其第七条进一步规定：“生产企业自营或委托出口货物未按本通知第三条规定期限申报退（免）税的，主管其征税部门应视同内销货物予以征税。”
《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告（一）》的相关规定废止了《国家税务总局关于出口货物退（免）税管理有关问题的通知》的相关规定，该公告第四条第（一）项规定：“企业当月出口的货物须在次月的增值税纳税申报期内，向主管税务机关办理增值税纳税申报、免抵退税相关申报及消费税免税申报。企业应在货物报关出口之日（以出口货物报关单〈出口退税专用〉上的出口日期为准，下同）次月起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期内收齐有关凭证，向主管税务机关申报办理出口货物增值税免抵退税及消费税退税。逾期的，企业不得申报免抵退税。”因此，依增值税和消费税原理，如果企业逾期未申报免抵退税，则只能自己负担上一交易环节中的增值税和消费税，同时，出口环节也不能免征增值税。
为了缓和出口退（免）税逾期申报制度的刚性，国家出台了延期申报制度。《国家税务总局关于出口退（免）税申报有关问题的公告》第七条规定：“出口企业或其他单位出口货物劳务、发生增值税跨境应税行为，由于以下原因未收齐单证，无法在规定期限内申报的，应在出口退（免）税申报期限截止之日前，向负责管理出口退（免）税的主管税务机关报送《出口退（免）税延期申报申请表》（附件3）及相关举证资料，提出延期申报申请。主管税务机关自受理企业申请之日起20个工作日内完成核准，并将结果告知出口企业或其他单位。（一）自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素；（二）出口退（免）税申报凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递；（三）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押出口退（免）税申报凭证；（四）买卖双方因经济纠纷，未能按时取得出口退（免）税申报凭证；（五）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致不能按期提供出口退（免）税申报凭证；（六）由于企业向海关提出修改出口货物报关单申请，在出口退（免）税申报期限截止之日前海关未完成修改，导致不能按期提供出口货物报关单；（七）有关政府部门在出口退（免）税申报期限截止之日前未出具出口退（免）税申报所需凭证资料；（八）国家税务总局规定的其他情形。”
本案生产企业天津然也工艺品有限公司自2012年8月起出口的37笔货物，逾期未申报出口退税，也未在规定期限内申报办理免税，法院依据《国家税务总局关于出口货物退（免）税管理有关问题的通知》，认为应当视同内销货物予以征税。虽然《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第24号）已经废止了《国家税务总局关于出口货物退（免）税管理有关问题的通知》的有关条款，但依其规定出口企业逾期未申报出口退免税则不得申报退免税，故本案生产企业依此仍然需要缴纳出口环节的增值税。
法条链接
1.《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告（一）》
四、生产企业出口货物免抵退税的申报
（一）申报程序和期限
企业当月出口的货物须在次月的增值税纳税申报期内，向主管税务机关办理增值税纳税申报、免抵退税相关申报及消费税免税申报。
企业应在货物报关出口之日（以出口货物报关单〈出口退税专用〉上的出口日期为准，下同）次月起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期内收齐有关凭证，向主管税务机关申报办理出口货物增值税免抵退税及消费税退税。逾期的，企业不得申报免抵退税。
012.挂靠企业、借权企业的出口退税如何处理？
——浙江诚盛实业集团有限公司与绍兴县国家税务局出口退税纠纷案[12]
裁判要旨
以自营名义出口，其出口业务实质上是由本企业及其投资的企业以外的单位或个人借该出口企业名义操作完成的，不适用增值税退（免）税和免税政策，而应当征收增值税。
基本案情
原告浙江诚盛实业集团有限公司（简称诚盛公司）于1999年5月27日成立。经营范围是：针纺织品、印染定型整理、浆纱、服装生产、加工；对外实业投资、纺织印染技术咨询。经营本企业自产产品及技术的出口业务；经营本企业生产所需的原辅材料、仪器仪表、机械设备、零配件及技术的进口业务；经营进料加工和“三来一补”。经营方式为加工、制造、进出口。诚盛公司本部及下属公司具有自主生产能力。诚盛公司在进出口业务中含有自产产品的出口业务。诚盛公司的所有外贸业务员统一以诚盛公司名义出口，统一以诚盛公司名义享受外贸出口货物退（免）税收政策。对外以诚盛公司名义承担出口货物的质量、结汇或退税风险等责任。
2005年3月9日至7月26日，江苏省绍兴县国家税务局（简称县国税局）对诚盛公司2004年1月1日至2004年12月30日的纳税情况进行检查后，认为诚盛公司在2003年至2004年间将进出口经营权和出口退税资格借由其他企业或个人使用，由他人挂靠外贸出口业务，违规取得出口退税款21，779，087.65元（其中2003年13，773，513.64元，2004年8，005，574.01元），违规免抵税额6，707，461.77元，（其中2003年1，865，384.29元，2004年4，842，077.48元）。根据财政部、国家税务总局《关于出口货物税收若干问题的补充通知》（财税字（1997）014号）第五条第二款及《关于进一步推进出口货物实行免抵退税办法的通知》规定，县国税局作出绍县国稽处（2005）第0100号税务行政处理决定，追缴诚盛公司2003年至2004年违规取得出口退税款21，779，087.65元及免抵税额6，707，461.77元，共计28，486，549.42元。税务行政处理决定送达后，诚盛公司不服，向浙江省绍兴市国家税务局申请行政复议。
2006年1月10日，浙江省绍兴市国家税务局作出税复决字（2006）第1号税务行政复议决定，维持浙江省绍兴县国家税务局的绍县国稽处（2005）第0100号税务行政处理决定。诚盛公司不服提起行政诉讼。
法院审理
原告诚盛公司诉称：（1）被告认定原告存在挂靠、借权问题与事实不符。①原告与业务员之间只是在计算报酬上有别于其他生产线上的职工，但这是外贸业务的特殊性及外贸业务员的相对独立性决定的，也是外贸业普遍做法。部分业务员实质是原告员工，是从原告处领取工资，享有劳动保险，受原告管理，出口的是原告自产产品，是原告或原告的下属公司生产或加工的，被告没有证据证明业务员的货全部是从其他单位购买或加工的。因此，被告认定原告的业务员与原告没有任何关系，业务员是自带货源，挂靠在原告公司与事实不符合；②徐某账户的设立是为了整个公司资金进出方便，不是为从事外贸业务而特地设立账户，除极小部分定金外，大部分进出都与外贸无关；③至于填开码单的问题，被告至法庭调查结束，都未提供充分有效的证据予以证明原告未反映货物的情况，也未能确定补开码单有几张，数额有多少。原告所有业务进出都是事实，补填码单的数量极小，但没有达到被告推定的几千万美元的程度。补填原因一是有些货物打卷时，打卷店的白纸不规范，需要重新补填，二是税务部门要求较严，为财务上的需要才补填。被告补填码单与自产产品之间没有必然联系，被告以此来认定原告出口货物不是自产产品是错误的，而且，长期以来，被告稽查时就认可原告是自产产品出口的事实；④诚盛公司本部拥有织机30台，日产布料8000米，其下属公司浙江绍兴骏发纺织有限公司，拥有142台意大利进口剑杆织机，日产布料4-5万米；绍兴市佳成丝绸服装有限公司，拥有140台日产喷气织机，日产布料6-7万米；绍兴县成板桥饰品有限公司，拥有118台喷水织机、剑杆织机40台，日产布料5万米。合计各类织机470台，日生产布料能力15-17万米。还有部分向其他纺织企业购买白坯布后，由诚盛公司进行印染加工后外销。诚盛公司在进出口业务中绝大部分是自产产品的出口。（2）被告对数额认定证据不足。被告只对三个业务员进行调查，9名相关业务员的协议，就直接认定原告2003、2004年所有外贸业务都是挂靠方式，对此，原告不能认同，在总的数额上被告根本没有搜集证据，完全是一种推定。（3）被告适用法律错误。①财政部、国家税务总局《关于出口货物税收若干问题的补充通知》（财税字（1997）014号）不能作为税务处理决定的法律依据。法律位阶上它属于规章，财政部、国家税务总局只有在2000年7月1日《中华人民共和国立法法》实施后才有权制定规章。因此，不能作为被告作出税务处理决定应适用的法律依据；②原告不符合该“通知”第五条第二款规定的主体条件，该条款规定的违法行为的主体是挂靠企业、借权企业，而原告是被挂靠企业，主体明显不符合；③《关于进一步推进出口货物实行免抵退税办法的通知》同样不能作为被告作出税务处理决定应适用的法律依据。（4）被告程序违法。本案应当由稽查局查处，国家税务总局的国税函（2003）140号通知，十分明确地规定了对税务违法案件的查处应当由稽查局。未告知原告申辩权利。原告请求撤销被告浙江省绍兴县国家税务局的绍县国稽处（2005）第0100号税务行政处理决定。
被告县国税局辩称：（一）认定原告将进出口经营权和出口退税资格借给他人，让他人开展外贸出口业务，有事实依据：1.外贸业务员操作程序。2003年、2004年原告挂在账上从事外贸的业务员有谢某梁、刘某义等多人。轻纺城的个体户胡某泉、胡某梅、沈某锋、王某堂、魏某生、徐某华等挂靠在原告名下，采取自带客户、自带货源、自行报关的方式办理外贸业务，享受了出口退税政策。基本流程是业务员将收取的外汇汇入原告账户，以原告取得专用发票，然后，业务员以原告名义办理出口，报关资料由业务员交给原告外贸部经理姒某霞，姒某霞收齐单据后交给原告财务部，由财务部经理傅某珍向税务机关申请出口退税。原告与这些业务员结算时按业务员汇进外汇和提供的单证结算，2004年按每美元9.1元左右人民币结算给业务员，2003年按每美元9.3元左右人民币结算给业务员。这种操作过程表明原告与业务员之间不存在直接的隶属关系，而是挂靠关系。2.资金运作程序。原告资金部经理徐某在绍兴市农行东浦支行以个人名义设立一个储蓄存款账户，2003年5月至2004年12月共存入现金41，648，064.80元，支取现金37，955，687.22元。其中大部分是业务员汇入原告的资金。外贸业务资金运作方式主要有两种，一是业务员如果购买原告的涤布出口，必须先将买布定金汇到徐某账户上，然后，原告才提供涤布给业务员，业务员出口后的外汇汇到原告的账户上，原告再将相应的货款现金退还给业务员，其货款在与业务员再结算按每美元9.1或9.3元人民币时扣除。二是业务员在其他公司购货外销，为了做到票款一致，原告约定业务员必须先将货款打到原告的账户上，再以原告的名义向销货方汇出货款，销货方再向原告开具增值税专用发票。如果需要原告垫付货款，原告则要收取利息。货款及利息由原告在汇回的外汇中扣除。以上可以看出，业务员与原告是买卖关系，是原告的客户，其外销是借权出口。3.货物的移动程序。外销货物码单是财务记账的原始凭证，用于证明出口货物是公司的自产产品。调查中，发现原告补填码单。这样，原告的会计账簿和记账凭证不能真实反映货物交易情况，货物是否真正出口原告也没有真实的凭证证明，货物的流向只有业务员确定，出口货物的控制权不属于原告，所有权归业务员，不是原告的自产产品。4.虚开发票，绍兴县中国轻纺城温馨布业有限公司的法人代表胡齐梅（也是原告的业务员）为了取得原告按每美元支付的9.1元，通过其公司向原告开具增值税专用发票，2004年价税合计3，137，279.30元。以上情况说明，原告将进出口经营权和出口退税资格借由其他企业或个人使用，由他人挂靠外贸出口业务，违规取得出口退税款21，779，087.65元。（二）关于退税数额。被告在检查中发现问题，制作了《税务稽查事实确认书》，被告也签署了意见。至于滞纳金，在对原告的处理中，追回了其已违规取得的出口退税款部分是不加收滞纳金的，但追回原告违规取得的免抵税款，属于原告未在规定期限缴纳的税款，在中国税收征管信息系统中是自动加收滞纳金的。（三）被告根据财政部、国家税务总局《关于出口货物税收若干问题的补充通知》（财税字（1997）014号）第五条第二款及《关于进一步推进出口货物实行免抵退税办法的通知》规定，对原告作出行政处理决定适用法律正确。（四）被告所作行政行为程序合法。被告已听取了原告的申辩的意见。综上，被告所作税务处理决定事实清楚，证据确实，请求驳回原告的诉讼请求。
法院认为，被告县国税局针对原告诚盛公司将外贸进出口权由他人挂靠，并取得出口退税款及免抵税额，据此认定原告属借权、挂靠的行为，并为证明其行政行为的合法性提供原告法定代表人王某祥的笔录及部分业务员的笔录等，虽然这些证据能够证明原告有借权、挂靠的事实，但未调查核实在2003年至2004年原告取得出口退税款及免抵税额的所有业务都属于将进出口经营权和出口退税资格借由其他企业或个人使用、由他人挂靠外贸出口业务的事实。原告的法定代表人虽然陈述自己公司没有外贸业务，但该陈述需要有证据来印证与事实是否相符。被告在已经知道原告有19名业务员的情况下，仅调查其中的7名业务员，并对个别业务员在原告单位领取工资是否仍属于借权、挂靠未作进一步审查。另外，被告提供的证据从内容看，大部分仅涉及原告2004年的业务情况。因此，被告提供的证据对证明原告2003年至2004年违法取得出口退税款及免抵税额只具有部分证明力，就全部而言证据并不充分，被告所举证据未能达到行政案件被告举证应达到的证明标准。被告作出具体行政行为的证据尚不充分，致认定事实部分不清。据此，依据《中华人民共和国行政诉讼》第五十四条第（二）项第1目之规定，判决如下：
撤销被告浙江省绍兴县国家税务局绍县国稽处（2005）第0100号税务行政处理决定。
点评
本案的争议焦点有二：一是挂靠企业、借权企业的出口退税问题；二是税务机关的证明责任问题。
一、挂靠企业、借权企业的出口退税问题
外贸实务中，企业出口应当有进出口经营权，否则，只有委托具有进出口经营权的企业出口。当出口企业委托出口时，出口退税款是退还给出口企业，而不是受托代理出口的企业，因为出口货物的所有权属于出口企业，出口企业与受托企业之间并不存在买卖合同，而是委托代理法律关系。出口退税制度的原理是将出口商品在国内缴纳的税收（我国是增值税和消费税）退还给纳税人，降低出口商品的成本，增强其在国际市场上的竞争力。因此，出口货物所有权归谁出口退税款就应退给谁。另外，自然人和个体工商户如果委托具有出口经营权的企业出口，因其无法取得增值税专用发票，故无法申请出口退税。但是，为了获得出口退税款，有些不合规的企业、自然人或个体工商户采用挂靠的方式，借用具有进出口经营权和出口退税权的企业的名义和资质出口，先由被挂靠企业以合法方式获得出口退税款，然后再与挂靠企业、自然人或个体工商户结算，并收取相关费用。这与建设工程领域的挂靠模式类似。为了打击出口退税领域中的挂靠行为，《财政部、国家税务总局关于出口货物税收若干问题的补充通知》第五条第（二）项规定：“具有下列情况之一的货物，不予办理退税：（二）挂靠企业、借权企业出口的货物……”上述文件被《财政部、国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》废止，该通知第七条规定，以自营名义出口，其出口业务实质上是由本企业及其投资的企业以外的单位或个人借该出口企业名义操作完成的，不适用增值税退（免）税和免税政策，而应当征收增值税。
二、税务机关的证明责任与证明标准问题
税务行政诉讼与其他行政诉讼的最大区别是：前者税务机关存在严重的信息不对称，后者其他行政机关通常不存在信息不对称问题。但是，我国税收法律法规和规章并未就税务行政诉讼中的税务机关举证责任问题进行专门规定，以区别于其他行政诉讼中的举证责任分配。当然，此问题非常复杂，不是本案例分析所能解决。本案税务机关在证据搜集过程中并未尽到应有的注意义务，即未能穷尽一切方法搜集相关证据，未在税务机关能力范围内完成举证责任。具体而言，本案税务机关搜集的证据虽然能证明纳税人存在接收其他企业或个人挂靠的行为，但是，其未能搜集充分的证据证明挂靠企业或挂靠个人到底出口了哪些货物，数额为多少，价值几何。由于挂靠出口的货物与本案纳税人自己出口的货物混在一起，如果无法区分，就无法确定应当追回的出口退税款。就本案而言，税务机关实际上应当全面取证，不但要对全部业务员调查，还应当依据相关线索调查业务员的上下游企业。这些取证工作税务机关皆未完成。本案给税务机关的最大启示是取证工作应当严格以事实是否清楚为标准，凡是相关证据无法形成完整的证据链条，无法全面清晰证明相关事实的，都可能会在行政诉讼中以事实不清为由被法院判决败诉。
法条链接
1.《财政部、国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》
七、适用增值税征税政策的出口货物劳务
下列出口货物劳务，不适用增值税退（免）税和免税政策，按下列规定及视同内销货物征税的其他规定征收增值税（以下称增值税征税）：
（一）适用范围。
适用增值税征税政策的出口货物劳务，是指：
……
7.出口企业或其他单位具有以下情形之一的出口货物劳务：
……
（2）以自营名义出口，其出口业务实质上是由本企业及其投资的企业以外的单位或个人借该出口企业名义操作完成的。
013.税务机关无限期地暂停办理退税是否构成不履行法定职责？
——济南丰宁食品有限公司与山东省章丘市国家税务局不履行法定职责案[13]
裁判要旨
行政机关在行政裁量时要遵循及时裁量的原则，不能无限期地拖延。税务机关暂停纳税人的出口退税，应当在合理期限内进行行政裁量，对是否允许纳税人出口退税作出决定。因此，税务机关长期暂停办理出口退税构成不履行法定职责。
基本案情
原告济南丰宁食品有限公司（以下简称丰宁公司）是在工商部门注册登记的企业法人单位，从事生产、加工谷物果实代用茶业务。
2009年迁至章丘市相公庄镇十九郎村。
2010年重新启动对日出口贸易。
2010年6月起向被告山东省章丘市国家税务局（以下简称章丘市国税局）申报出口货物应退税款。被告先后于2012年1月、2月为原告办理出口退税共计34万余元，剩余42，843.84元被告以原告提供了虚假发票为由没有退回。
原告不服，于2012年4月19日向济南市国家税务局提起行政复议。
复议过程中，双方达成和解协议，约定：申请人（原告）自觉配合被申请人（被告）对出口退税相关事项的调查、检查；被申请人及时组织人员进行调查、检查，并将结果向申请人反馈。
原告撤回复议申请。
被告在审查过程中认为出售人为杨某兰、张某铨的33份发票存在疑点，涉嫌虚开农产品收购发票，向章丘市公安局进行了通报。章丘市公安局立案后派员到江苏省射阳县千秋镇找杨某兰、张某铨进行了调查，杨某兰、张某铨二人否认2010年和2011年与原告发生过农产品买卖业务。
原告不服，诉至法院，请求法院判令被告立即退还出口货物应退税42，843.84元，利息3，602元，共计人民币46，445.84元。
章丘市人民法院一审认为：《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条规定，“纳税人购进货物或者接受应税劳务（以下简称购进货物或者应税劳务）支付或者负担的增值税额，为进项税额。下列进项税额准予从销项税额中抵扣：……（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进出口增值税缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税计算公式：进项税额＝卖价×扣税率……”本案中，出售人为杨某兰、张某铨的33份发票总额为329，658元，依据该计算公式其进项税为329，658×13%＝42，843.84元。即原告要求退税的部分。《中华人民共和国发票管理办法实施细则》（国家税务总局令2011年第25号）第二十六条规定：“填开发票的单位和个人必须在发生经营业务确认营业收入时开具发票，未发生经营业务一律不准开具发票。”《山东省国家税务局转发〈国家税务总局关于加强以农产品为主要原料生产的出口货物退税管理的通知〉的通知》（鲁国税函（2006）220号文件）第二条规定：“凡发现其购、产、销、运输、报关、收汇等环节存在疑点、不能确定其业务真实性的，一律先暂停办理退税，并按有关规定落实和处理。”根据上述规定，被告在审查原告提供的相关资料进行出口退税的过程中，发现原告提供的出售人为杨某兰、张某铨33份发票存在疑点后，对其产生的进项额暂停计算退税。《国家税务总局关于开展打击制售假发票和非法开发票专项整治行动有关问题的通知》（国税发（2008）40号）第三条规定：“……整治不合法发票的买方市场，是专项整治行动的重要方面，对于不符合规定的发票和其他凭证，包括虚假发票和非法代开发票，均不得用以税前扣除、出口退税、抵扣税款。”根据上述规定，被告将存在疑点的发票通报公安机关，公安机关受理后找相关人员进行了调查，杨某兰、张某铨否认与原告发生相应的农产品买卖业务。被告根据自身和公安机关的证据材料对该33份发票的进项税不予退还并无不当。因此，原告要求被告退还出口货物应退税款42，843.84元，利息3，602元的请求于法无据，不予支持。原审法院判决驳回原告丰宁公司要求被告退还出口货物应退税款42，843.84元，利息3，602元的诉讼请求。
丰宁公司不服，向济南市中级人民法院提起上诉。
济南市中级人民法院二审查明丰宁公司向章丘市国税局提出退税申请的时间是2011年6月，其他事实认定与一审判决无异。济南市中级人民法院二审认为：《中华人民共和国发票管理办法实施细则》（国家税务总局令2011年第25号）第二十六条规定，“填开发票的单位和个人必须在发生经营业务确认营业收入时开具发票，未发生经营业务一律不准开具发票。”《山东省国家税务局转发〈国家税务总局关于加强以农产品为主要原料生产的出口货物退税管理的通知〉的通知》（鲁国税函（2006）220号文件）第二条规定，“凡发现其购、产、销、运输、报关、收汇等环节存在疑点、不能确定其业务真实性的，一律先暂停办理退税，并按有关规定落实和处理。”本案中，被上诉人在审核上诉人的退税业务中发现涉案33张农产品收购发票存在疑点。经被上诉人及公安机关的调查，该宗发票载明的农产品出售人杨某兰、张某铨均否认存在经营业务。被上诉人据此暂不办理上诉人涉案33份存在疑点发票的进项税退税并无不当。原审法院判决驳回济南丰宁食品有限公司要求被告退还出口货物应退税款42，843.84元，利息3，602元的诉讼请求，认定事实基本清楚，适用法律正确，程序合法，依法应予维持。二审法院判决驳回上诉，维持原判。
丰宁公司申请再审称：1.申请再审人提供的证据可以证明申请再审人所开具的33张发票是真实的，不存在虚开的情况。被申请再审人不提交对周国昌取证的证据，不提交除杨某兰、张某铨两人以外对其他9人调查取证的证据，仅凭杨某兰、张某铨两人的笔录为本案定性，缺乏证据的全面性。
2.章丘市公安局出具结论是不予立案，否定了本案是经济犯罪案件。申请再审人的农产品收购发票和增值税普通发票都被核销完毕，按照法律规定不存在违法行为。3.二审法院判决没有对申请再审人出口货物业务的真实性进行审核，适用法律及审判程序上存在错误。一、二审判决适用了两个法律条文，即《中华人民共和国发票管理办法实施细则》（国家税务总局令2011年第25号）第二十六条和《山东省国家税务局转发〈国家税务总局关于加强以农产品为主要原料生产的出口货物退税管理的通知〉的通知》（鲁国税函（2006）220号文件）第二条，上述法律条文都没有不退税的规定。
而且法律规定的是“先暂停办理退税，并按有关规定落实和处理”。二审法院判决并未审查被申请再审人暂不退税的期限以及在何期限内按有关规定落实和处理的意见，事实上将暂不退税演变成实际的不退税。请求撤销原审判决，支持丰宁公司的原诉讼请求。
再审法院认为：本案的主要争议焦点系丰宁公司所诉章丘市国税局暂停办理退税是否构成不履行法定职责。依据《中华人民共和国行政诉讼法》第五十四条第（三）项、《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第七十八条之规定，判决如下：一、撤销济南市中级人民法院（2012）济行终字第208号行政判决；二、撤销章丘市人民法院（2012）章行初字第17号行政判决；三、章丘市国税局于本判决生效之日起60日内针对丰宁公司的申请作出是否退税的处理决定。
点评
我国现行的暂停办理出口退税制度存在重大缺陷，即未对暂停办理出口退税的期限进行规定。《国家税务总局关于〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉有关问题的公告》第五条第（五）项规定：“主管税务机关发现出口企业或其他单位的出口业务有以下情形之一的，该笔出口业务暂不办理出口退（免）税。已办理的，主管税务机关可按照所涉及的退税额对该企业其他已审核通过的应退税款暂缓办理出口退（免）税，无其他应退税款或应退税款小于所涉及退税额的，可由出口企业提供差额部分的担保。待税务机关核实排除相应疑点后，方可办理退（免）税或解除担保。1.因涉嫌骗取出口退税被税务机关稽查部门立案查处未结案；2.因涉嫌出口走私被海关立案查处未结案；3.出口货物报关单、出口发票、海运提单等出口单证的商品名称、数量、金额等内容与进口国家（或地区）的进口报关数据不符；4.涉嫌将低退税率出口货物以高退税率出口货物报关；5.出口货物的供货企业存在涉嫌虚开增值税专用发票等需要对其供货的真实性及纳税情况进行核实的疑点。”该条实际上允许税务机关无限期地暂停办理出口退税。税收实务中，有些纳税人被税务机关暂停办理出口退税达八年之久而不给予最终的结论。问题是税务机关的此种做法是否构成行政不作为，即不履行法定职责。首先，我们要明确办理出口退税业务是否为税务机关的法定职责。依据国家税务总局官网（http：//www.chinatax.gov.cn/index.html），国家税务总局的主要职责包括办理进出口商品的税收及出口退税业务。因此，办理出口退税业务是各级国税局的法定职责。其次，国税局能否无限期地暂停办理出口退税。依据《国家税务总局关于〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第12号）第五条第（五）项，国税局确实可以无限期地暂停办理出口退税。最后，国税局无限期地暂停办理出口退税是否构成不履行法定职责。依行政法原理，行政机关在行政裁量时要遵循及时裁量的原则，不能无限期地拖延。因此，国税局暂停办理出口退税应当在一定期限内给予最终的处理结果，或者不给予出口退税，并给予相应的税务处理（处罚）措施，或者继续办理出口退税，而不能长期悬而不决。本案税务机关暂停纳税人的出口退税长达三年多，一直未对是否退税给予结论。山东省高级人民法院在再审程序中依据行政法的基本原理和基本原则，判定税务机关长期暂停办理出口退税构成不履行法定职责，并直接判定“章丘市国税局于本判决生效之日起60日内针对丰宁公司的申请作出是否退税的处理决定”。山东省高级人民法院的上述判决值得肯定。此案例也提醒法院在判决税务纠纷案件时应当站在客观独立的立场，充分发挥司法权对行政权的监督，而不能将自己与税务机关混同。
法条链接
1.《行政诉讼法》
第七十二条 人民法院经过审理，查明被告不履行法定职责的，判决被告在一定期限内履行。
2.《国家税务总局关于〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉有关问题的公告》
五、其他补充规定
（五）主管税务机关发现出口企业或其他单位的出口业务有以下情形之一的，该笔出口业务暂不办理出口退（免）税。已办理的，主管税务机关可按照所涉及的退税额对该企业其他已审核通过的应退税款暂缓办理出口退（免）税，无其他应退税款或应退税款小于所涉及退税额的，可由出口企业提供差额部分的担保。待税务机关核实排除相应疑点后，方可办理退（免）税或解除担保。
1.因涉嫌骗取出口退税被税务机关稽查部门立案查处未结案；
2.因涉嫌出口走私被海关立案查处未结案；
3.出口货物报关单、出口发票、海运提单等出口单证的商品名称、数量、金额等内容与进口国家（或地区）的进口报关数据不符；
4.涉嫌将低退税率出口货物以高退税率出口货物报关；
5.出口货物的供货企业存在涉嫌虚开增值税专用发票等需要对其供货的真实性及纳税情况进行核实的疑点。
014.纳税人多缴的税款是否可以申请退还？
——范某某与广东省罗定市地方税务局税务行政处理纠纷案[14]
裁判要旨
纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
基本案情
1996年4月12日，罗定市置业房地产建筑工程公司出具《法人授权委托书》，委托范某某为其公司签订经济合同代理人，权限为承建罗定发电厂土石方、道路、围墙工程。后经广东省高级人民法院生效文书确认，该工程的实际施工人为范某某和案外人卢某某、段某某。该工程中，已完成的土石方工程的工程款为8，336，509.65元，挡土墙工程款为844，765.86元，工程款合计共9，181，275.51元。
2013年5月22日，范某某称案外人段某某所获取的工程款9，550，000元涉嫌偷税已被依法征收税款，段某某缴纳的计税金额已大于法院生效法律文书所确认的工程款的总额，则范某某另外按10，989，103.03元的工程款缴纳的601，299元的税款（其中包括科技教育治安基金18，877.12元）应属于超过应纳税款的部分，范某某遂向广东省罗定市地方税务局（下称罗定市地方税务局）申请退还税款601，299元。
2013年7月1日，罗定市地方税务局作出罗地税函（2013）13号《罗定市地方税务局关于范某某申请退还多交税款问题的复函》（以下简称：《复函》），以范某某退税的申请日2013年5月22日距离税款的结算缴纳日2004年2月12日已经超过法定的三年期间为由，不予退税。
范某某不服，向云浮市地方税务局申请复议，云浮市地方税务局于2013年9月2日作出云地税行复（2013）1号《行政复议决定书》，维持了罗定市地方税务局作出的不予退税的决定，对于科技教育治安基金18，877.12元，云浮市税务局告知范某某可依法向该基金的征收机关提出退还申请。
范某某向法院起诉，诉讼请求是：1.撤销罗定市地方税务局作出的罗地税函（2013）13号《罗定市地方税务局关于范某某申请退还多交税款问题的复函》；2.判决罗定市地方税务局如数返还多征收范某某的税款601，299元；3.本案诉讼费由罗定市地方税务局承担。
法院审理
原审法院认为，对范某某提出的申请退税的第一项、第三项理由，罗定市地方税务局有全面答复的法定职责，罗定市地方税务局仅对范某某提出申请退税的第二项理由作出《复函》，但并未就范某某申请退税的第一项、第三项理由在《复函》中予以明确回复，因第一项、第三项理由是范某某基于罗定市地方税务局发现多缴纳税款的情况如何处理而向罗定市地方税务局提出的请求理由，该请求属于范某某向罗定市地方税务局主张返还财产的两项理由，与范某某第二项理由并不重复，罗定市地方税务局应作出明确答复，但罗定市地方税务局无正当理由怠于履行答复这一法定职责，是行政不作为，应属违法。由于罗定市地方税务局违法的行政行为并未以明确内容的形式体现在《复函》中，故罗定市地方税务局的不作为行为在《复函》中并不存在可撤销的内容，根据《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第五十七条第二款第（二）项：“有下列情形之一的，人民法院应当作出确认被诉具体行政行为违法或者无效的判决：……（二）被诉具体行政行为违法，但不具有可撤销内容的……”的规定，罗定市地方税务局于2013年7月1日作出的罗地税函（2013）13号《罗定市地方税务局关于范某某申请退还多交税款问题的复函》，应确认违法。
对范某某提出申请退税的第二项理由，自结算缴纳税款之日起超过三年，税务机关仍应依纳税人申请退还多缴纳的税款的主张。原审法院认为，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条规定“……纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还……”，范某某申请退还多缴税款应自结算缴纳税款之日起三年内，本案中，范某某所申请退还的税款已于2004年2月12日结算缴纳税款，其本应于2007年2月12日前向税务机关提出退还税款的申请，但范某某是于2013年5月22日才提出申请，已超过法定的三年期限，且《中华人民共和国税收征收管理法》中对于申请退税期限并没有中止、中断的相关法律规定，范某某主张的依据不足，原审法院不予支持。罗定市地方税务局针对范某某的第二项理由在《复函》中作出的回复，是正确的。
对于范某某提出的第二项诉讼请求，因法院没有直接作出具体行政行为的职权，范某某该诉讼请求应予驳回。
原审法院判决：一、确认罗定市地方税务局于2013年7月1日作出的罗地税函（2013）13号《罗定市地方税务局关于范某某申请退还多交税款问题的复函》违法；二、驳回范某某的其他诉讼请求。
上诉人范某某不服原审判决，提起上诉。
上诉人罗定市地方税务局不服原审判决，提起上诉，请求：1.撤销原审判决第一项，维持罗定市地方税务局作出的《罗定市地方税务局关于范某某申请退还多交税款问题的复函》，并驳回范某某的诉讼请求。2.本案受理费由范某某承担。
二审法院认为，关于罗定市地方税务局作出的罗地税函（2013）13号《罗定市地方税务局关于范某某申请退还多交税款问题的复函》是否已就范某某提出退税的申请作出答复的问题。范某某向罗定市地方税务局递交《申请书》的请求是：退还申请人多交纳的税款人民币601，299元。对范某某的请求是否成立，罗定市地方税务局已在罗地税函（2013）13号《罗定市地方税务局关于范某某申请退还多交税款问题的复函》中，以范某某提出退税申请的时间已超过三年的期限为由，答复不予退税。原审法院以范某某申请退税的理由有三点，罗定市地方税务局在罗地税函（2013）13号《罗定市地方税务局关于范某某申请退还多交税款问题的复函》中没有一一作出答复为由，而认定罗定市地方税务局行政不作为不当，且范某某起诉时亦没有以罗定市地方税务局行政不作为为由提起诉讼。因此，原审法院确认罗定市地方税务局作出的罗地税函（2013）13号《罗定市地方税务局关于范某某申请退还多交税款问题的复函》违法不当，依法应予撤销。
对于范某某起诉的第二项请求：判决罗定市地方税务局如数返还多征收范某某的税款601，299元。因该请求不属于行政审判的职权范围，原审法院判决驳回范某某该诉讼请求正确，二审法院予以维持。
二审法院判决如下：
一、维持罗定市人民法院（2013）云罗法行初字第14号行政判决第二项；
二、撤销罗定市人民法院（2013）云罗法行初字第14号行政判决第一项；
三、维持广东省罗定市地方税务局2013年7月1日作出的罗地税函（2013）13号《罗定市地方税务局关于范某某申请退还多交税款问题的复函》。
点评
纳税人向税务机关纳税过程中，可能会因自己或税务机关的原因导致超过法律规定的应纳税额多纳税款。问题是纳税人是否可以申请税务机关退还呢？从民法原理讲，纳税人超过税法规定的应纳税额向国家缴纳的税款属于不当得利，国家应当退还。我国《税收征收管理法》第五十一条规定：“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。”据此，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，分两种情况：第一，税务机关发现的，应当立即退还。至于期限，字面理解是税务机关任何时候发现都要退还，没有期限限制。第二，纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息。上述三年期限未规定中止、中断，故属于除斥期间，因此，纳税人可以申请税务机关退税。
本案纳税人范某某结算缴纳601，299.58元税款（其中包括科技教育治安基金18，877.12元）的最后时间为2004年2月12日，但范某某在2013年5月22日才向罗定市地方税务局提出退还税款的申请，从2004年2月12日起算已经九年多，远远超过三年期限，不符合申请退还税款的法定条件。
法条链接
1.《税收征收管理法》
第五十一条 纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
015.股权转让合同被法院判决撤销，税务机关是否应当退还已经缴纳的所得税？
——天长市天琴医药包装有限公司与安徽省天长市地方税务局退税纠纷案[15]
裁判要旨
《税收征收管理法》第三条规定：“税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。”由于我国现行法律或行政法规并未对股权转让合同被法院判决撤销，税务机关应当退还已经缴纳的所得税作出规定，故税务机关不能退税。
基本案情
2012年9月5日，天长市天琴医药包装有限公司（以下简称天琴公司）、北京市金数码投资有限公司（以下简称金数码公司）及科瑞欣（香港）实业有限公司在安徽省天长市签订《股权收购协议书》等文件，约定天琴公司将其所持有的安徽天洋药业有限公司（以下简称天洋公司）70%股权转让给金数码公司。同时金数码公司将其所持有的新药左旋奥硝唑氯化钠（葡萄糖）注射液的批准文号等所有的知识产权变更到天洋公司名下。
2012年9月21日，双方在工商行政主管部门办理了股权转让变更登记手续后。
2012年9月25日，金数码公司给付了天琴公司3，566万元股权转让金。
天长地税局依据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）的规定，征收天琴公司股权转让企业所得税及滞纳金7，147，289.45元。
后天琴公司以金数码公司违反《股权收购协议书》的约定，认为其对所谓的新药左旋奥硝唑氯化钠（葡萄糖）注射液并无任何的知识产权，其行为显属欺诈为由，向天长法院提起诉讼，要求撤销天琴公司与金数码公司签订的《股权收购协议书》。
安徽省天长市人民法院（以下简称天长法院）以该股权转让显失公平为由，于2014年3月4日作出（2013）天民一初字第01606号民事判决，判决撤销了天琴公司与金数码公司于2012年9月5日签订的《股权收购协议书》。
宣判后，天琴公司与金数码公司均未上诉。
天琴公司按照与金数码公司于2014年2月27日签订的《协议书》约定，于2014年3月17日支付4，300万元给金数码公司。
2015年7月14日，天琴公司以天长法院判决撤销了天琴公司与金数码公司于2012年9月5日签订的《股权收购协议书》为由，向天长市地税局提出退税申请。
天长市地税局于2015年9月16日作出《关于不能退还企业所得税的批复》，天琴公司不服，向滁州市地税局申请行政复议，滁州市地税局于2015年12月31日作出滁地税复决字[2015]1号《行政复议决定书》，复议决定维持《批复》。
法院审理
法院认为，根据《中华人民共和国税收征管法》的规定，各级地税机关负责其征收范围内的地方税收征收管理工作。
税收的开征、停征、以及减税、免税、退税、补税，依照法律法规的规定执行。在中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织为企业所得税的纳税人。本案天琴公司、金数码公司及科瑞欣（香港）实业有限公司签订了《股权收购协议书》，约定天琴公司将其所持有的天洋公司70%股权转让给金数码公司。金数码公司也按约定支付了3，566万元股权转让价款给天琴公司，天长市地税局向天琴公司征收股权转让企业所得税及滞纳金7，147，289.45元，事实清楚，符合法律规定。后天长法院判决撤销了天琴公司与金数码公司于2012年9月5日签订的《股权收购协议书》，天琴公司向天长市地税局提出退税申请。该请求是否属于天长市地税局退还天琴公司已缴纳的企业所得税的法定情形？《中华人民共和国税收征收管理法》第二条规定：税收的开征、停征、以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
目前税收征收管理法律法规规定的退税情形中也没有关于股权转让协议被撤销后，应退回之前所缴纳的企业所得税的规定。本案中，虽然天长法院判决撤销了天琴公司与金数码公司签订的《股权收购协议书》，从合同法规定上来看，该协议以及股权转让行为自始无效。就股权收购双方应互相返还，或向对方赔偿损失。但从行政法律关系上来讲，合同被撤销或有效无效不是决定税款是否退还的关键，退税要于法有据。天琴公司向天长市地税局书面提出退还企业所得税的申请，天长地税局作出《批复》，其答复在合理期限内。滁州市地税局收到天琴公司的行政复议申请，作出行政复议决定并依法送达，该行政复议符合法定程序。天琴公司在庭审中阐述的国家税务总局国税函[2005]130号《关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》中所述的退税，不符合本案的情形。
法院驳回原告天长市天琴医药包装有限公司的诉讼请求。
点评
股权转让中的转让方应当依法缴纳企业所得税或个人所得税。但是，在股权转让完成后，如果股权转让合同被撤销或被解除或被判决无效，转让方已经缴纳的企业所得税或个人所得税是否应当退还呢？
一、法理分析
无论企业所得税或个人所得税，其原理皆是针对企业或个人的所得征税，此种所得既可是货币形式，也可是非货币形式。因此，纳税人有所得才征税，无所得不应当征税。在股权转让中，转让方应当缴纳企业所得税或个人所得税也是因为转让方有所得（转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本）。但是，在股权转让完成后，如果股权转让合同被撤销、被解除或被判决无效，一般发生恢复原状的法律效果，即转让方退还股权转让款，受让方将股权变更回转让方名下。此时，股权转让实际上未发生，转让方最终未实现股权转让收入。因此，其不应当为股权转让缴纳所得税。否则，有违企业所得税或个人所得税原理。
二、我国现行的法律法规
1.个人所得税的退税
依据《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》，分情况处理：第一，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。第二，股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。
2.企业所得税的退税
我国现行法律、法规、规章及其他规范性文件没有关于纳税人收回已经转让的股权征收企业所得税问题的专门规定。
3.《税收征收管理法》的一般规定
《税收征收管理法》第三条规定：“税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。”据此，退税应当以法律或者行政法规为依据。显然《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》并不是法律或行政法规，只是其他规范性文件，其与上位法明显冲突，应当无效。
综上，股权转让合同被撤销或被解除或被判决无效，从税法原理上分析，税务机关应当退还所得税，但是，依据我国现行法律法规，税务机关退税缺乏法律依据。
法条链接
1.《税收征收管理法》
第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
2.《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》
三、关于股权转让所得确认和计算问题
企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
3.《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》
四川省地方税务局：
你局《关于纳税人收回转让的股权是否退还已纳个人所得税问题的请示》（川地税发〔2004〕126号）收悉。经研究，现批复如下：
一、根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称个人所得税法）及其实施条例和《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称征管法）的有关规定，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。
二、股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。