经穴是针灸临床的主体，针灸的疗效主要由经穴体现，其特定分类的五输穴，因其主治规律性强及应用范围广泛，为历代医家所重视。五输穴配属五行。《难经·六十四难》曰：“阴井木，阳井金；阴荥火，阳荥水；阴俞土，阳俞木；阴经金，阳经火；阴合水，阳合土。”其依五行相生，又按阴阳相合，将阴井乙木与阳井庚金配合起来，成为子午流注针法按时取穴等相关开穴规律的理论基础。《灵枢·顺气一日分为四时》提出：“病在脏者，取之井；病变于色者，取之荥；病时间时甚者，取之输；病变于音者，取之经；经满而血者，病在胃及以饮食不节得病者，取之于合。”《难经·六十八难》曰：“井主心下满，荥主身热，俞主体重节痛，经主喘咳寒热，合主逆气而泄。”此皆言五输穴的针刺法则。此外，也有根据季节针刺五输穴的记载。如《难经·七十四难》曰：“春刺井，夏刺荥，季夏刺俞，秋刺经，冬刺合。”还有《难经·六十九难》中根据五行生克制化规律而创立的“虚者补其母，实者泻其子”的选穴原则。

周允娴临床选穴多以五输穴为主，如治疗消化系统疾病多选足三里，因足三里为足阳明胃经合穴，在治疗此类病症时，开穴首选此穴，可引领胃气，调畅腑气。此外，水湿为患，选足太阴脾经合穴阴陵泉；失眠，选手少阴心经原穴神门；乳少，选手太阳小肠经井穴少泽；腰背腿疾，选足太阳膀胱经合穴委中；头面五官疾患，选手阳明大肠经原穴合谷。选手太阴肺经合穴，也即本经子穴，清肺泻肺；选足少阴肾经输穴太溪、荥穴然谷，滋补肾阴；选足厥阴肝经输穴太冲，平肝、柔肝、泻肝。以上五输穴之间的配伍应用在临床中均取得非常好的疗效。

周允娴选穴配伍讲求“少而精，力专势宏，起效迅捷”，认为“善用针者，穴不在多而在精”，选穴要针对辨证，服从治则。特别是治疗急性病，常取一穴，而获良效。交替用穴，使穴有调息之机，此谓有备无患也，但是患者往往求愈心切，渴望一诊多针多灸，以求速效。医者若不坚守原则，而以多针博取患者欢心，妄图射百矢而中其一，即效亦不利于患者，盖乱刺实则乱气耳，气乱反易导致机体功能失常，徒增患者痛苦。周允娴主张病情单纯者可取单穴或不过三穴。例如，急性扁桃体炎多属火热上攻，根据清火泄热的原则，一般刺少商放血即可奏效。她在选用单穴时亦非常重视经外奇穴、经验穴。例如，急性腰扭伤者，选用手针腰痛点（第2、3掌骨及第4、5掌骨结合部前方的凹陷）往往一针即见神效；落枕疼痛者，针刺落枕穴（位于第2、3掌指关节后方凹陷处的压痛点处，而教科书中一般定位在第2、3掌指关节后方1寸）；心脏疾患如心动过速、期前收缩者，选用经验穴之心平穴（手厥阴心包经之郄门上1寸），均取得非常好的疗效。