周允娴针刺取穴主张精炼。《针灸大成》云：“不得其要，虽取穴之多，亦无以济人；苟得其要，则虽会通之简，亦足以成功。”周允娴在取穴方面主张“精当配穴，随证加减”的原则。她在多年临证中形成多套病症特效穴组。

重视调神，安神助眠。《灵枢·本神》曰：“凡刺之法，先必本于神。”《素问·针解》曰：“制其神，令气易行。”《素问·宝命全形论》曰：“凡刺之真，必先治神。”《素问·移精变气论》曰：“得神者昌，失神者亡。”神的盛衰，直接关系到人的生死存亡。因此，周允娴在临床中将百会、通天、神庭，称为“十字花穴”，作为调神的主穴。百会属督脉经穴，而督脉通于脑，脑为元神之府，调节五脏六腑；百会为诸阳之会，百脉之宗，是各经脏气会聚之处，可醒神、安神、定神、调神；令针感向巅顶部汇聚，可益精髓，补脑调神。通天穴，通，通达也；天，天部也。通天意指膀胱经气血由此上行天部。神庭为督脉经穴，可调督清脑，镇静安神。配内关、神门、三阴交（内关、神门可调心及心包而有镇静安神之功；三阴交属肝、脾、肾经之交会穴，且其经别在循行之中均通过心而有镇静安神之力，故在临床上，以此三穴作为治疗失眠之基本穴）等镇静安神治疗失眠。另外，周允娴在针灸操作过程中，强调操作者要专一其神、意守神气，患者要神情安定、意守感传，将调神贯穿治病的全过程。

中医的癫狂、脏躁、痫证、郁证，包括西医的抑郁症、焦虑症亦从调神论治。督脉是人体中心的象征。“督脉乃精气升降之通道”（《杂病源流犀烛》），具有充髓海、养元神之功。周允娴制订“通督止郁方”治疗抑郁症：百会、风府、印堂、风池。随症加减，痰盛加丰隆，肝气郁结加太冲，心烦加劳宫，心悸加中脘、上脘、巨阙（三穴常合用于神志病的治疗，有开胸理气化痰之功，特别是有胸脘部压抑憋闷者）。而对于神志病，中医认为其系阴阳失调、气血逆乱所致，并表现出一些荒诞、怪异的证候，故常用人中、承浆二穴，可调理任督而醒神开窍。配合神门、内关、三阴交，心神不定者加大陵，以安神定志。施平补平泻手法，留针30分钟，间以行针。本方中，百会属督脉与足太阳、足厥阴经之交会穴，与风府合用有醒脑开窍、镇惊息风的作用，是治疗神志疾患的要穴；风池乃风邪入脑之门户，具有祛风明目、醒脑开窍之功，与风府合用具有通调督脉、醒脑开窍之功；巨阙、中脘、上脘可以疏通局部经络，宽胸理气；胸闷不舒加膻中宽胸、水沟醒神。本方随症灵活应用于临床，每获良效。

重视脾胃，呵护胃气。胃气，有广义和狭义之分。广义的胃气指人之正气，亦即后天元气，根源于肾，赖后天水谷之气充养；狭义的胃气是指脾胃的生理功能。人受水谷之气以生，脾胃之气消化、腐熟、运化水谷，故言人以胃气为本。人体胃气的盛衰又是导致疾病发生与否的重要因素之一。胃气不伤，则不病或少病。即使生病，如胃气不伤，食欲不损，病情虽重，亦有转机；若胃气已伤，则容易生病或易使病情加重。因此，凡欲察病者，必先察胃气；凡治病者，必常顾胃气。胃气无损，诸可无虑。周允娴在诊治疾病过程中，注重诊察胃气盛衰，不论男女、老幼、久病、新病，都必诊察舌脉，问其饮食，伤胃气者必呵护之。常用中脘、天枢、气海、足三里以调脾胃，补后天之气（重者四穴同用，轻者可单用足三里）以利身体之恢复。